与此同时，他在全省刊发告示。内言：国家与外国订立条约，允许洋人设立教堂传教，承认有保护教堂之责。平民遇有冤屈之事，只可向长官呈诉申理，切勿私自报复，倘若聚众哄闹，私相寻仇，不仅使国家受到连累损失，自己也违背王法，有理变成无理。
遇有民教涉讼，传教士应当遵守中国法度，不得干预地方官审理案件。教民信教，仍是中国之人，必须遵守本国法令，倘若持教为非作歹，定要依法治罪，决不寛贷。
同时通饬各级官员，遇有诉讼案件，不分民教，但论曲直，持平办理。如有洋人和传教士干预，应当根据条约章程分别驳斥，不得偏听袒护。如果传教士不安本分，禀请上司核办。差役勒索，尽法惩治。
紧接着，刊发中外条约章程，令官员讲习，教育民众，保护教堂。一切摊派，平民有的，教民也不例外。
十九日，袁世凯又将劝民教告示稿和通饬各级官员稿，连同济南、东昌、泰安和临清发生的一百四十六起教案案情咨呈总理衙门，让他们了解山东义和团的实际情况。
慈禧太后粉碎戊戌变法重新训政后，就想废掉光绪，另立新君。她对被她扶上大位的“儿子”竟然想要害她伤心到了极点。
因外遭各国谴责，内受二江总督等封疆大吏的强烈反对而作罢。
但她一直没死心，到了一九九年的十月，她认为其训政的地位已经很巩固，决定于元旦废掉光绪，立端郡王载漪之子溥儁为帝，改元普庆。
军机首辅荣禄怕担恶名，献计把溥儁暂时先放到大阿哥的位置，做为缓冲，也可以试探一下各方面的反应。
慈禧太后觉得这个办法也不错，就在一九零零年一月二十四日，她召集亲王、贝勒及各大臣，命光绪宣读了立溥儁为大阿哥的上谕。
明确溥儁将来是继承同治大统，预立皇储。
史书称此为“乙亥建储”。
本来慈禧再出训政就反对声不断。
这样的建储等于是废掉了光绪，违背清朝的祖制，立刻遭到了国内外的一致反对。
袁世凯觉得这是他在慈禧太后表现的机会，马上上折慈禧太后“恭贺圣喜”，上折光绪“恭贺天喜”。果然很讨慈禧喜欢，但光绪则对其恨得更甚。
显然，袁世凯上呈总理衙门的资料有了收效。
二月十九日，朝廷根据总理衙门的上奏，发布谕旨，严行禁止义和团，秉公处理教案。
对照上一个上谕，这使袁世凯感觉到了，朝廷内部对义和团有二种态度，而最高决策者在左右摇摆。
袁世凯认为必须要抓住这有利时机，立即命人拟定《严禁拳匪暂行章程》，和上谕一起张贴出去，广而告之。
章程完全是按袁世凯的意思起草，内容主要是：州县官吏必须认真访查缉办，倘所管所辖境内有设厂教习者，“照纵匪例从严查办”。
庄长、首事、地保必须随时禀报，徇隐不报，即加监禁，与匪通气，即加正法。父兄纵听子弟学习邪拳，除将子弟正法外，父兄监禁三年。
所有拳厂，一律毁平，某家设厂，其家产一律充公。告发某家设厂，将该家家产一半赏给告发之人。拿获设厂匪首送案者，赏该犯全部家产。
设厂的邻人如果顾虑拳匪报复，不敢出头告发，应即通知庄长、首事、地保，密报到官，以凭拿办。知而不报者，提案严办，窝留者与匪同罪。
从前拳匪，除着名匪首及曾犯焚抢重罪者仍应查拿外，其余被胁者但能悔过自新，一概从寛免究。倘有挟仇诬告，希图分赏者，即行反坐科罪，决不宽贷。
袁世凯一方面命令各级官员和绅士分赴四乡，挨户传谕，每天报告义和团的踪迹。
一边派出武卫右军全力追剿，在全省范围内掀起了一个剿灭义和团的**。
义和团对袁世凯恨之入骨，称人人皆欲得而杀之，食其肉，寝其皮。
他们到处散发揭贴，骂袁世凯为“袁奸雄”，“杀了袁龟蛋，我们好吃饭”的歌谣在山东到处流传。
有人还偷偷地在巡抚衙门的墙上，画了一个大乌龟。头顶红顶花翎，奴气十足的趴在洋人的屁股后面，以示痛恨。
而此时，山东和直隶正好遭逢大旱。饥民们为了生存，纷纷加入义和团，震惊中外的义和团运动爆发了。
三月十四日，朝廷正式授袁世凯为山东巡抚。
为了把已经成了燎原之势的义和团运动镇压下去，袁世凯奏请朝廷同意，把山东原有的二十四营的勇队栽并。
留下二十个营，共一万五千人，改称武卫右军先锋队，重加训练，换发新式毛瑟枪。
其后又把另外的十个营改编为左翼防军，右翼防军和沿海防军，部署在全省要地。
不到二个月，就将义和团的主要首领数十人擒获斩首。
义和团在山东待不下去了，纷纷逃到山西和直隶。
特别是毓贤到山西当巡抚后，山西成了义和团的天堂。
山东闹义和拳，毓贤是始作俑者，至于他在山西的相关作为，我们在前边已经提到过了。
乙亥建储后，清**的朝政逐步落到了顽固守旧的军机大臣刚毅、赵舒翘、启秀、大学士徐桐和大阿哥的父亲——载漪之手。
为争取各国承认立嗣，载漪命人到各国公使馆，请各国公使对此表示祝贺。
但各国公使没有人理睬，自讨无趣。
载漪知道，如果没有外国人从中作梗，早就废掉光绪，自己的儿子也早就已经当上皇帝了，自己不就是太上皇了吗？
载漪本就很恨外国人，这下子更是恨之入骨，恨不得将这些外国人斩尽杀绝。
他听说义和团能神功护体刀枪不入，见义和团打出了扶清灭洋的口号，大喜过望。
于是打起了利用义和团赶走洋人，达到自己废光绪立新君的目的，于是便竭力在慈禧面前吹捧义和团。
慈禧这时候正对自己在洋人面前处处受制而脑火，想起洋人庇护康有为、梁启超这些乱党更是怒火中烧。也想利用义和团为自己卖命，她想把义和团收编为官办团练，但朝廷内争论很大。
这些意见各有各的道理，慈禧拿不定主意了。
和袁世凯接触虽不很多，但能觉出袁世凯有头脑，遇事有独到见解。于事，便争求袁世凯的意见。
从询问中袁世凯已经感觉到慈禧的心意，但他这一次没顺着慈禧说，而是直接提出了反对的意见。
自己杀了那么多义和团，这些人要是得了势能饶了自己吗？
“该拳会聚众游行，每于数百里外劫取财物，不得谓之为保护身家；焚杀掳赎，抗官拒兵，不得谓之非作奸犯科；掠害平民，骚扰地方，不得谓之专仇洋教。”
最后不容质疑地言道：“是宜严禁预防，未可权宜迁就。”
被这些****掌握了朝纲的清**，如何能听得进袁世凯的意见。
在载漪等人的纵容下，六月上旬，直隶的义和团大批涌入北京，声言要攻打各国大使馆。
六月十日，总理各国事务衙门的亦匡，他本来是反对载漪这些人瞎胡闹的。但他会看风向，见慈禧太后都那么积极了，赶紧把嘴闭上。
怕将来受牵连，干脆躲在家里称病不出。
载漪正求之不得，顺势取得了管理各国事务衙门的大权。