但是，洪述祖此人实在是不争气。在被重用为井陉矿务局总办时，任内与法国东方汇理银行签订合同，以井陉矿务局的资产为抵押来借款七十五万两库平银，引起舆论非议，披露并批评他贪图回扣而出卖国家利益。
宣统二年（1910年）十二月，新任直隶总督陈夔龙弹劾他“办事荒谬”，遂被革职，留住天津。
他任职时应该是捞了不少油水，故而在天津过着奢华的生活，并结交了原民政部侍郎赵秉钧。
因对清廷不满，辛亥革命时，他与其姻亲赵凤昌在暗中活动，图谋推翻满清。曾亲拟退位诏稿（未被采用）。因此他后来常以“革命元勋”、“共和功臣”自居。
袁世凯成为临时大总统后，赵秉钧被任命为内务总长，洪述祖被当时的国务总.理唐绍仪推荐为内务部秘书。
纵观洪述祖为官，可谓“招权纳贿”、“名誉甚劣”。
一九一三年一月二十二日，洪述祖偕应桂馨南下上海，负责调查欢迎国会团，一月三十一日离沪北返。
在上海，洪述祖、应桂馨注意到了国民党对袁世凯政权的威胁，因此他们在袁世凯的默许下，先计划搜集国民党领袖孙中山、黄兴、宋教仁的黑材料与负面消息，试图将其散布到社会，但未能得逞。
在“宋案”发后不久，应桂馨、武士英先后在租界落网后。洪述祖于三月二十六日晨逃离北京，躲进德国租借地青岛。
五月，青岛的德国裁判所审问洪述祖，洪述祖坚称“毁宋”只是要破坏宋教仁的名誉，并非肉体消灭之意，因此德国人判他无罪，继续寄居青岛。
关于洪述祖的结局：日本占领青岛德国租界，将租界内所有房产充公，洪述祖便化名张皎厂，亡命上海。一九一七年四月行踪暴露，被上海公廨逮捕，四月三十日被保释。
然国民党已得知消息，在洪述祖被保释而上车离去之时，一群国民党人前来公廨探听消息。其中宋教仁之子宋振吕认出上车之人正是洪述祖，立即跃上汽车，将洪述祖扭下。押送至警局，后被解到北京。法院审理过程中，他始终不肯认罪。
一九一八年三月月二十七日，大理院判处洪述祖死刑。四月五日对洪述祖执行绞刑，这也是中华民国第一次使用绞刑机器，行刑时因身体太重、筋骨衰弱，竟然身首异处。洪述祖之妾。找了北京最善于连尸的医院把头缝好才下葬。
据说洪述祖临终前留下对联曰：“服官政，祸及于身，自觉问心无愧怍；当乱世，生不如死，本来何处着尘埃。”
这为后话。
现在，还是回到宋教仁遇刺案的审理。经多方磋商，租界领事团决定在会审公堂第七次预审结束后，将“宋案”移交给中国当地法庭处理。
得此消息后，国民党方面迅速作出反应，并提议在上海组织特别法庭进行审理。之后，负责“宋案”的江苏都督程德全将此提议电告袁世凯与北京内务部、司法部。
袁世凯当天回电同意设立特别法庭，但在法庭的组织及所在地问题上，北京方面与国民党人产生了重大分歧。
司法总长许世英认为，宋教仁遇刺案影响重大，理应提交北京大理院公开审判。国民党人则认为，既然案件发生在上海，那就应该在上海设立特别法庭审理。
为此，国民党人抢先组织了以黄郛为主裁，王宠惠、伍廷芳为承审官的特别法庭，并提请中央批准。
对此，北京方面很是不满，因为伍廷芳是前南京临时政.府司法总长，黄郛与王宠惠又都是革命党人，司法总长许世英考虑再三，随后又提议由上海地方检察厅负责审理。
国民党人不同意此议，据理力争坚持己见。江苏都督程德全为难之下，只好再次致电袁世凯，强调组织特别法庭的重要性。
袁世凯接电后回复，称司法总长拒绝副署，他也无权驳回，因而无法按国民党人的意见颁布命令。
之后，许世英再次做出让步，提议由伍廷芳署理上海地方审判长来审理此案，但国民党方面仍坚持原议。就在这南北争执当中，凶犯武士英却突然于四月二十四日不治身亡。
“宋案”发生后，江苏都督程德全与民政长应德闳从南京赶赴上海坐镇督办。但就在他们的眼皮底下，最重要的案犯，杀人凶手武士英似乎是莫名其妙的意外死亡，这引起了舆论界的极大不满。
其实，后来查明了武士英的死因确系是病死，但因为死的时间太过敏感，很容易使人产生联想。
在此压力下，程德全、应德闳于四月二十六日，将“宋案”的相关证据，即应桂馨、洪述祖密电函全部公开。
得知总理赵秉钧、内务府秘书洪述祖涉嫌“刺宋”密谋后，国民党人群情激奋。
黄兴随后致电袁世凯：直指“国.务.院.总.理赵秉钧为暗杀主谋之犯”。认为现在都督程德全拟在上海组织特别法庭，遭到司法总长许世英的大力反对别有用心。
按许的主张在北京大理院审理，法院处于政.府的藩篱之下，案件能否得到公正的审判，罪犯是否会受到应有的惩罚，政.府是否会妨碍司法的公正，这些都令人担忧。
再者，“宋案”涉及政.府，司法总长本就是国.务.院中的一员，而其上司赵秉钧为案中巨犯，又怎能不让人心存疑问？电末，黄兴请袁世凯“独持英断，毋为所挠”，以“维大局而定人心”。
两日后，袁世凯回电，称总.理赵秉钧与应桂馨只通过一次信函，即一月十四日附信送达“密码电一本”，并声明今后“有电直寄国.务.院”，如果仅凭这一信件就一口咬定赵秉钧是“宋案”主犯，在法律与证据上都站不住脚。
再者，“近年来那些闹二次革命、三次革命的，无不假托伟人，如凭为嫁祸之媒，不免人人自危”。
“赵秉钧、洪述祖、应桂馨三人来往之事，好比甲、乙谋丁，甲骗乙说丙已授意，而丙实际上并不知情，如果以此定丙之罪，未免不公。现在的首要问题，还应请法律部门将各项证据详细研究，等到人证到齐，审判公开，自能水落石出”。
对于黄兴要求他直接命令设立特别法庭之事，袁世凯颇不以为然。他在回电中表示，民国既是立宪国家，司法独立原则不可轻易摧抑。司法总长许世英为保障法律而拒绝副署，此乃他的职分所在，并无偏私之见。如果任其辞职，法官界未免横起风潮。如此，对大局影响重大。当下“国事艰难，人心险恶，转移风气”，还希望黄兴能够理解。
袁世凯的这段话可谓冠冕堂皇、滴水不漏，一下就把黄兴的质问堵了回去。私下里，袁世凯对程德全、黄兴等人的做法大为不满。
《民立报》一九一三年六月二日报道，谭人凤、王芝祥于五月十八日拜会袁世凯，袁世凯称：“人谓我违法，我丝毫不违法。‘宋案’候法庭裁决，借款（指善后大借款，后文将专门谈及）听国会解决。国会议决如何便如何，我何违法之有？宋案证据有黄克强（黄兴）盖印，黄克强既非行政官，又非司法官，何能盖印？即此已违法，尚责我乎？”
另外，作为政。府官员，程德全又有何权力公布本应由法院公布的证据？至于黄兴要求自己独断专行，下令设立特别法庭，“岂不是强人所难，好让自己背负干涉司法独立的罪名吗？”
就司法程序而言，黄兴的做法确实不太妥当，如未经审判即一口咬定“总.理为案中要犯”，如要求国.家.元.首干预司法，这无疑都是违反法治原则的。
对此，副总统黎元洪也发表通电，称共和国家应首重司法，既不容行政机关非法干预，也不能让立法机关随意侵犯。刺宋一案，纯属法律问题，程德全等宣布证据，不出自法庭而出自军政.府，未免有违法之实。
作为宋教仁多年的至交，黄兴的激动是可以理解的。何况当时的中国缺少法治观念，民主共和又刚刚确立，所谓“三权分立、司法独立”等等，这些东西大多停留在概念层面，一旦进入操作阶段，难免会因为个人好恶或集团利益而导致理念扭曲。
革命党人这边，主张对袁世凯持强硬态度的不仅有黄兴，另一位革命领袖孙中山更是如此。
宋教仁遇刺后，孙中山在第二天即得知消息并决定立即回国。
四天后，孙中山一行人回到上海，随后开会讨论“宋案”的处置办法。
黄兴等人主张用法律解决，与黄兴不同的是，孙中山从一开始就认为是袁世凯在背后策划了一切。
返回上海的第二天，孙中山即在拜会日本驻上海总领事有吉明时表示：“宋教仁暗杀事件，事颇重大。昨朝返沪以来，根据收到之报道，其数虽少，而出自袁世凯嗾使之证据，历历在目。”