袁世凯对国民党既然还有些投鼠忌器，对于北京的国民党员就比较客气一点。而身在北方虎穴中的国民党员，也要比较有妥协性一些。这是没有办法的事，所谓人在房檐下，不能不低头。
袁授意北京总检察厅票传国民党北京支部部长吴景濂到案。质问黄兴是不是国民党的领袖，如果黄的“逆叛”行为与国民党有关，那么国民党就该负起“谋叛”的责任。如果黄的行为与国民党无关，国民党就该立刻开除黄兴党籍以明责任，限吴景濂三天内答复。
吴景濂拿这个难题无法解决，很想召开一次北京支部大会来研究处理，可是时间太仓促，会议召开不及。三天限期转眼即到，吴景濂没有办法，只好想出一个应对之策。
他以个人名义在北京报纸上刊登一段启事：“黄兴除名一案，非经大会不能决定，但限期甚迫，不及召集大会，因即遵令除名。”
袁世凯和北洋系骂黄兴是捣乱领袖，其实黄是很冤枉的。
其在宋案后一直是主张委曲求全的。对宋案本身言，黄主张纯以法律解决，求是非，讲法理。
对于袁政.府的态度，黄鉴于各国尚未承认民国，蒙藏风云紧急，所以反对用武力对付袁。
他的主张受到多数人支持，因此在袁下令免三省都督前，国民党对于解决纠纷的宗旨是：“宋案责成法院，借款责成议会。”并拟推岑春煊、王芝祥、章士钊、汪兆铭等为调和专使前往北京。
袁免赣、皖、粤三省都督后，国民党方面仍希望不致决裂。所以六月十日李烈钧有电报告袁政.府“遵令免官”，并且通电将已经调动的部队撤回原驻地点。
六月十六日胡汉民有电“请授赴藏方略”，并且解释“宋案借款之争，仅系建言作用，不敢出法律范围”。而柏文蔚早在调任令发表之前就表示要辞职。这一切并非国民党施缓兵之计，实在因为国民党的多数派还不打算对袁进行武装抗争。
在这纷扰的期间，又传出了一个谣言，据说是日本在幕后策动的。就是要在南京另外组织一个政.府，推举岑春煊为总统。
民国二年七月二十八日熊希龄的通电，曾经揭破这个密谋：“报载四省独立，有在宁设立政.府，推举岑西林为总统之谣。前南北议和时，犬养毅等于前年冬来华，运动南北分立，渠与希龄本属旧交 ，屡至沪寓密告希龄，谓袁如得志，中国可危，不如劝孙、黄公推岑为总统与袁对抗，并要求希龄介绍往见。希龄与张謇、汤寿潜、庄思缄、赵凤昌诸君与犬养毅接谈数次，竭力反对。幸黄兴当时力主和议，岑亦病辞不见，犬乃回国。去年春间再到上海，乃不与希龄接洽矣。此日本民党 利用我南北分立之实在情形也。”
岑春煊在南京组府之说，使袁世凯有了紧迫感。岑、袁两人在清廷同朝为官时就有大隙。宣统年间盛宣怀红极一时，挟隆裕和载涛、载洵以自重。辛亥起义后，盛主张用岑，奕匡则主张起用袁，其后袁因缘时会，水到渠成。
岑在上海，据说孙、黄都去拜望他。他告诉访客说：“别人都怕袁世凯，我是不怕他的，倒要和他较量一下。我本无意大总统，今既有现成的，就不妨试试看。”
为了震慑和控制国民党拥兵自重江西和南京，北洋军分两路南下：第一军军长段芝贵统率第二师师长王占元、第六师师长李纯两部担任湖北、江西之线。第二路军包括冯国璋、张勋、雷震春等部（因第二路军不止是一个军，所以称为第二路军），由冯国璋统率，沿津浦路南下试图控制南京。
这都是北洋军的嫡系。段芝贵和冯国璋都是袁的心腹大将，袁心目中的两个重要棋子。袁心中内定段芝贵是湖北都督，冯国璋是江苏都督。
肯定地说，北洋军此刻的进兵，只能加剧紧张局势，也是导致“二次革命”爆发的一个重要因素。虽然，南北已经名义上统一，袁政.府是全国的合法政.府，军队可以派到国家的任何地方，所谓，出师有名。
北洋军来势汹汹，咄咄逼人。
李烈钧是国民党四个都督中最有实力的，袁世凯也最嫉恶李。
李被免职后，孙中山派居正、白逾恒、吴铁城前往南昌慰问。力劝李不受乱命，宣布独立。
李颇踌躇，认为：“被免了职才起兵讨袁，人将以为恋栈挟嫌，岂能言顺。”所以决定离江西至上海谒孙中山再作计较。
李烈钧于六月十五日经安徽至上海，下榻斜桥路六十号。
柏文蔚是主张使用武力的，且打算首先在安徽发难，曾密赴上海向孙中山请示。孙因为安徽逼近北方，且可拱卫南京，似不宜先动。最好由湖南、广东、江 西各省先行独立，迨袁出兵，安徽便可截击，所以劝阻了柏。柏被袁免职即赴南京升平桥小住。
李烈钧在上海分别见到了孙中山、黄兴、陈其美等，反复会商今后对袁应付策略。中山先生在宋案后本就一直主张武力讨袁，现在则起兵之心更加坚决。其他人也深感袁世凯这是在斩尽杀绝，再退让下去，袁世凯只能是更加猖狂，更加有持无恐。当前只有一途，就是举兵反抗。
黄兴这时已派人在南京运动军队。
李烈钧激于义愤，愿任首难之责。遂于七月七日自上海轻装潜返江西，七月八日抵达湖口。召集旧部第九、十两团 ，及辎重工程两营，于七月十二日占领湖口炮台，檄告中外，宣布独立。
李部混成团团长林虎，自告奋勇，愿任九江前敌军总指挥。第一师师长欧阳武，第二师师长刘世均，赣南第四旅旅长蔡森，均电告整军备战。
中华民国二年七月十三日，江西省议会公举李烈钧为江西讨袁军总司令，慷慨誓师，发布讨袁檄文：
“民国肇造以来，凡吾国民，莫不欲达真正共和目的。袁世凯乘时窃柄，帝制自为。灭绝人道，而暗杀元勋；弁髦约法，而擅借巨款。金钱有灵，即舆论公道可收买！禄位无限，任腹心爪牙之把持。近腹盛暑兴师，蹂躏 赣省，以兵威劫天下，视吾民若寇仇，实属有负国民之委托。我国民宜亟起自卫，与天下共击之！……”
这就是民国史上的“二次革命”，也称“癸丑之役”、“赣宁之役”。
事实上李还未就讨袁总司令以前，江西军便已和北洋军有了接触。七月十二日晚北洋军步兵第二十四团团长张敬尧，已率全团抵赣。
十二日拂晓，北军开始攻击，赣军以一连应战，士气高涨，俘虏北军百余人，掳获甚多。北军第十二旅旅长马继增赶来增援，而赣军已奏捷后鸣金收兵了。这一战张敬尧惨败，赣军夺获北军枪枝百余支，毙连长一名，排长五名，士兵二百余人，俘虏营副一人。讨袁军只伤了士兵一人。
李烈钧湖口倡义后，湖南都督谭延闿紧接着宣布独立，福建方面师长许崇智亦宣布起义。福建都督孙道仁犹存观望，许迫孙，孙不得已乃勉强加入讨袁军。
安徽方面柏文蔚交卸都督后，本已至南京小住。当李烈钧返江西后，柏文蔚亦于七月十七日返安徽宣布独立，以响应江西。不料安徽军师长胡万泰已被袁世凯收买，反戈对付柏，深夜勒兵围攻都督府。柏文蔚不及躲避几乎遇险，乃出走芜湖。胡万泰联合海陆军进攻芜湖，柏力战不支，惨遭失败。
上海方面则由陈其美策划部署。广东由都督陈炯明与胡汉.民.联.合于七月十八日宣布独立，本拟出兵援赣。但因广西都督陆荣廷、巡防统领龙济光投靠袁政.府。广东受广西牵制，乃不能出兵。四川方面川军第三师长熊克武于八月四日组织讨袁军，宣布独立。
李烈钧在江西发动讨袁后，中山先生本打算亲赴南京主持。黄兴觉得戎伍之事非孙中山所长，乃自告奋勇请缨，于七月十四日赴南京。临行急促甚至连其夫人均未通知，直到抵南京后才致书夫人。
黄抵宁后，即召集驻南京的第一、第八两师军官会于八府塘李鸿章相府。决议组织讨袁军，响应江西。
当时南京驻军中，要塞司令吴绍璘，讲武堂副长蒲鉴，要塞第二团教练官程凤章均为袁世凯的人 ，持反对态度。黄兴当即将三人抓捕处死，以立军威。
江苏都督程德全弃职走上海后，南京方面以江苏都督程德全名义宣布独立，并任命黄兴为江苏讨袁军总司令。以黄葆仓为参谋长，许崇灏为参谋主任，秦效鲁为筹饷处长，沈缦云为造币厂厂长，朱寿颐为接收马府街袁政.府陆军部仓库专员。
同时檄令驻徐州第三师冷遹部堵击南下袁军，第一师章梓、第八师陈之骥出兵临淮关控制要隘。
南京于七月十五日慷慨誓师。