“二十一条”的签订，后果是极其严重的。袁世凯和他的幕僚们，对其虽然已经有所认识，但对后果的估计仍是远不够的。
满清政.府为什么被视作无能政.府？很重要的一点就是签订了那些如同“马关”、“辛丑”等丧权辱国的条约。你民国取代了清廷，丧权辱国的条约照签订不误，人们怎么能不对这个民国，对袁世凯和袁政.府失望呢？
事实上，“二十一条”的签订不但使袁世凯和袁政.府的威望大减，而且为后来的历史埋下祸根。几年后的一九一九年爆发的，震惊中外的“五四运动，其导.火.索也正是这个“二十一条”。
签订了“二十一条”，日本的那些狂热的民粹主义和军国主义者自以为得志，自以为占到了大便宜，其实正是他们坑害了日本和日本人民。往远了说， “二十一条”的签订，使日本在国际上声名狼藉，引发这些人的野心进一步膨胀，发动侵略战争，最终的结果是使日本的国家和人民遭受深重的苦难。而就是在当时，也让日本在中国的侨民的日子很不好过。
“二十一条”的签订后不久，袁世凯曾对其秘书曾叔度言道：“购地、租地，我叫他一寸地都买不到手。杂居，我叫他一走出附属地，即遇危险。至于警察、顾问用日本人，用虽用他，月间给他几个钱便了，顾不顾，问不问，权却在我。我看用行政手段，可以破坏条约，用法律手段破坏不了。又其他各条，我都有破坏之法”。
此举效果如何，曾任袁秘书的曾叔度在忆及此事时引日人言：“我等被囚禁于附属地界内，一步不敢出附属地”。“我等名为顾问，其实绝无人顾，绝无人问。”
“二十一条”的签订，加之日本对中国的侵略战争，对两个民族感情造成的伤痕，可以说至今还不能痊愈，这难道不是这些军国主义者给他们的后代造的孽吗？
如果说日本是凭实力，迫使袁**签订了“二十一条”，而袁世凯能取得全国的政权，爬上大总统的宝座，不同样是凭借实力吗？
要是论个人的威信和魅力、论人品，这个大总统能轮上他当吗？不说别的，就他在戊戌维新中出卖光绪帝那件事，什么时候被提起，都会被臭出几里地。
毫无疑问，是北洋军把袁世凯抬上大总统的宝座。
北洋系的基础，建立在小站练兵时期，袁世凯手下的这些得力干将也大多来源于小站练兵。谈到袁世凯的北洋军干将，首先当属“北洋三杰”。
这时，“北洋三杰”的情况是：冯国璋外调南京，主持长江一带的军事；段祺瑞在中央统理全国军事；王士珍已退隐正定。
谈到“北洋三杰”，排在首位的当然是段祺瑞。
而此时段祺瑞正以陆军总长身份，不但对北洋军系独揽大权，即对于全国军事亦有统筹之权。北洋军的新生力量，多数是由他所培养和提拔，这一块越来越成为袁世凯的心病。
段祺瑞与袁世凯的其他将领不同，最大的不同是这个人有自己独立的思想，有自己的原则。不像段芝贵等人，什么都听袁世凯的，总是看袁世凯的脸色行事。
论能力，袁世凯的手下无人可与段祺瑞相比。要是真有需要，把他派过去也真的顶用。但能力强，有独立思想的人也有他们的局限，就是不那么听话。比如这段祺瑞，有时候就没有段芝贵好用。
最让袁世凯受不了的是，段祺瑞似乎对共和情有独钟，三句话不过就能冒出一句：“维护共和”。更可气的是这话袁世凯听着刺耳，却又找不出毛病。
不光是袁世凯对段祺瑞有诸多不满，段祺瑞那边，对袁世凯也大不如前了。
北洋系里相传有这么一段故事：
袁称帝以前，小站旧人早已恢复了跪拜礼，唯独段祺瑞不肯。已经是民国了还要曲膝，他旗帜鲜明地表示反对。
袁世凯对此虽然嘴上没说过什么，心里显然是不高兴的。对此，同是袁世凯左膀右臂的冯国璋看在眼里，急在心里。
冯国璋几次劝段祺瑞说：“芝泉，你别任性吧，皇帝和终身总统有何区别？跪拜礼和脱帽鞠躬礼又何尝不是一样？”
这一次，冯拉了段一齐到袁国璋那儿去拜年，自己先跪下去，段祺瑞见冯下跪，没有办法，只得依样画葫芦了。
袁世凯见了这两员大将一齐跪在自己面前，倒有点不好意思，慌忙站起身来，呵着腰说：“不敢当，不敢当！”
两个人坐了一会，再至袁克定处，也行跪拜大礼，心中当然是十二万分委曲。怎知这位大少爷却端坐不动，受之泰然。
段祺瑞一肚子冤气，怒冲冲地跑出来，埋怨冯国璋说：“你看，老头子倒还谦逊不遑，大少爷却架子十足，哪里拿我们当人！我们做了上一辈子的狗，还要做下一辈子的狗！”
冯国璋亦连连摇头说：“芝泉，莫说你发怒，我亦忍耐不住，今后我跟着你走，我们不能再当一辈子狗了！”
冯、段的不满，后来有人传给袁克定，埋怨他不该摆架子激怒了北洋的两大将。
怎知袁克定却淡淡地说：“这正是我要的，这两个人都是老头子养大的，现在他们都有点尾大不掉。我若不折折他们的骄气，将来他们更不得了，难免不爬到我的头上呢！”
北洋军人那一年都向袁行跪拜礼，袁在接受他们大礼时，总是喊着自己儿子的名字说：“你们快来还礼呀！”
袁克定从不答应，俨然以未来储君自任。
这是小过节，虽使北洋系的将领对袁世凯寒心，还不是致命伤。最致命的，是他们逐渐感觉到袁世凯不肯和他们说真话，并千方百计地解除他们的兵柄。
他们觉得：“鸟还未尽而弓已藏，狡兔未死而走狗将烹！既然老头子已不把我们当作人了，我们又何必对他忠心呢！”
在“北洋三杰”中，王士珍比较最随和，没有个性，因此袁世凯对其最为放心。
民国成立后，王士珍就回到正定原籍，不问民国政治。由于袁世凯越发容不得段祺瑞，便打起了借重王士珍排挤段祺瑞的主意。
民国三年春天，袁派长子袁克定乘专车到正定去迎王士珍进京。
王士珍表示无意于再参加政治活动，袁克定说：“参不参加政治是一件事，父亲邀请你去京谈谈又是一件事，如果你一天不启程，我也只好留在正定促驾，无颜面回北京了。”
王士珍被大公子这么一逼，终于情不可却地随同袁克定来到了北京。
袁世凯立刻颁授王士珍为陆军上将，并且派为陆海军大元帅统率办事处坐办。
统率办事处是民国三年五月九日成立的，由陆军总长、海军总长、参谋总长及大元帅特派的高级将领组成。陆、海、参三部总长是当然办事员，第一批所派的办事员，只有荫昌、王士珍、萨镇冰三人，其后加了蔡锷等。
这是袁世凯把全国兵权从陆军部抓回自己手里的一项具体措施。
自从统率办事处成立以来，总统府的军事处也就取消了，段祺瑞退为办事员之一。而陆军部的重要职权都移转到办事处，陆军部就成为一个名存实亡的机关了。
袁世凯在宣统初奉“旨”养疴时，曾把价值三十万元的府学胡同私宅慷慨地赠给段祺瑞。段祺瑞从那时起便住在这所房子内，在该宅辟一个侧门以与陆军部军需司的走廊相通，经常由这门出入。
自统率办事处成立后，段祺瑞就不大到部议公，一切部务都交由他所宠爱的门生——陆军次长徐树铮代拆代行。徐树铮是段祺瑞最亲信的人，却是袁世凯最讨厌的人。
一次袁世凯表示要把徐树铮调职，段祺瑞觉得这简直是成心在找他的麻烦，因此沉不住气大声地说：“很好，请总统先免我的职，总统要怎么办，便怎么办！”
民国四年五月，正当日本提出廿一条的时候，陆军部上了一道请求增加职员薪金的呈文，袁亲笔批下：“稍有人心，当不出此！”八个大字。
由于段祺瑞不到部办公，自然对陆军部公事也不看，有次袁问段祺瑞某件公事，段祺瑞说不知道。
袁世凯马上正颜厉色地质问段祺瑞： “怎么，刚刚我看到陆军部送来的公文，你是总长却不知道？”
廿一条签署后，袁克定公开向人表示：所以要向日屈服，只是因为中国不能抗日；为何不能抗日？因为陆军不能作战，陆军部务无人负责，因此政.府不能孤注一掷，冒险去抗日。
段祺瑞是个何等聪明之人，当然更知道进退，于是向袁世凯呈请辞职，并且不俟批准便赴西山养疴。
袁世凯当时有意拉扰蔡锷，准备让入京不久的蔡锷接任陆军总长；后来觉得这样重要的位置不能旁落，最后还是决定留给自己的北洋的嫡系，于是陆军总长一职便落在王士珍身上。
段祺瑞的请辞，当然是被迫的，但是他有病也是真的，所以他请辞后即赴西山养疴。而袁世凯则一再假意挽留，只准段祺瑞请假，一再给予延期，同时派王士珍代理。
北洋“三杰”中，王士珍与段祺瑞感情尤深，因为不肯卖友，他一再坚持不肯正式就任陆军总长。