军事会议的最后，蔡以严肃的口吻说：“我们这次举义，最要紧的是要赢得全国各方的同情，以求得多助。蓂赓（唐继尧号）身为地方大吏，如果率军出征，很容易引起邻省认为是假名侵略之嫌，过去滇军扰川已有猜疑，今若不避嫌，更容易被袁世凯挑拨，中其反间，所以统军出征应由我和协和（李烈钧号）。至于坐镇后方，领导军政.府重责蓂赓万万不可谦让。”
蔡锷的这番话非常感动人，他自己也泪随声下。于是与会人士一致鼓掌赞成。
这一次会议，在一张长条桌前，唐继尧和蔡锷是并坐主席位子。就是在这次会议上，唐继尧被推举为云南护国军政.府都督，成为云南的护国军最高长官。但是，唐继尧为了尊礼蔡锷，他的位子一直侧一半，以示不与蔡并肩。
这一幕同样令人感动。什么是教养？何为人品？这里应该能让人悟出些什么。
会议决定护国军成立三个军，蔡锷为第一军总司令；李烈钧为第二军总司令；唐继尧兼第三军总司令。
唐继尧郑重地向与会人士表示三点意见：（一）关于军制军令，凡涉总揽之事，只以云南军督府名义行之。（二）蔡、李两将军均聘任，来往文书用咨函。（三）对外文告，由唐、蔡、李三人共同署名。因此，后来护国军发出的通电檄文都是唐继尧、蔡锷、李烈钧等共同列名。军总司令虽隶属于军政.府，但三位元戎往来的文电均系平等语气。
现将云南护国都督府和护国将佐名单列表如下：
职别 姓名 别号 籍贯 党籍 备注
军都督 唐继尧 蓂赓 云南会泽 同盟会
左参赞转任统兵官 戴戡 循若 贵州 进步党
右参赞 任可澄 志清 贵州 进步党
政务厅厅长 陈廷策 稚苏 贵州 进步党
财政厅厅长 籍忠寅 亮侪 山东 进步党
参谋厅厅长 张子贞 青圃 云南 国民党
军务厅厅长 庚恩旸 泽圃 云南墨江 国民党
秘书厅厅长 由龙云 夔举 云南姚安 国民党
第一军总司令 蔡锷 松坡 湖南邵阳 国民党
总参谋长 罗佩金 蓉轩 云南澂江 同盟会
第一梯团 长 刘云峰 晓岚 山东 国民党
第一支队长 邓泰中 和卿 云南 同盟会
第二支队长 杨蓁 映波 云南 国民党
第二梯团 长 赵又新 凤喈 云南顺宁 国民党
第三支队长 董鸿勋 干丞 云南 国民党
第四支队长 何海清 镜寰 湖南 无党 籍
第三梯团 长 顾品珍 小斋 云南昆明 国民党
第五支队长 禄国藩 介卿 云南 同盟会
第六支队长 朱.德 玉阶 四川 原国民党 后共产党
第四梯团 长 戴戡 循若 贵州 进步党 后改为右翼总司令
第七支队长 熊其勋 克臣 贵州 无党 籍
第八支队长 王文华 电轮 贵州 国民党
第二军总司令 李烈钧 协和 江西武宁 同盟会
第一梯团 长 张开儒 藻林 云南文山 同盟会
第一支队长 钱开甲 鼎三 云南 未详
第二支队长 盛荣超 湖南 未详
第二梯团 长 方声涛 韵松 福建 同盟会
第三支队长 黄永社 未详 同盟会
第四支队长 马为麟 子祥 山西 未详
第三梯团 长 何国钧 干臣 云南宜良 同盟会
第五支队长 林开武 未详
第六支队长 王锡吉 未详
兼第三军总司令 唐继尧 蓂赓 云南会泽 同盟会
第一梯团 长 赵钟奇 毓衡 云南凤仪 同盟会
第一支队长 华封歌 咏三 云南呈贡 未详
第二支队长 李植生 云南 同盟会
第二梯团 长 韩凤楼 五峰 河南 未详
第三支队长 吴传声 岁鸾 贵州 未详
第四支队长 彭文治 公武 云南 未详
第三梯团 长 黄毓成 斐章 云南 同盟会 后改挺进军司令
第五支队长 杨杰 耿光 云南大理 国民党 后改纵队司令
第六支队长 叶成林 云南 未详 后改纵队司令
第四梯团 长 刘祖武 继之 云南文山 同盟会
第七支队长 杨体震 云南 未详
第八支队长 李友勋 麟书 四川 国民党
第五梯团 长 庚恩旸 泽圃 云南墨江 同盟会
第九支队长 唐继虞 夔赓 云南会泽 国民党
第十支队长 赵世铭 鼎臣 云南 未详
第六梯团 长 叶荃 湘石 云南 同盟会
第十一支队长 马骢 伯安 云南 未详
第十二支队长 邓埙 小池 云南 无党籍
挺进军总司令 黄毓成 斐章 云南 同盟会
第一纵队司令 杨杰 耿光 云南大理 国民党
第二纵队司令 叶成林 云南 未详
（说明：一梯团 约合一旅，一支队约合一团）林云南未详
在国家有难时挺身而出，历史应记下这些人的名字。
在当时，国人还是很注重地域和乡土观念的。从以上人员的籍贯和党派看，护国军确实践行了自己的诺言：“地无分南北，省无论甲乙，同此领土，同是国民，惟当量材程功，通力合作，决不参以地域观念，自启分裂；倒袁救国心理大同，但能助我张目，便当引为同志，所有从前党派意见，当然融消，绝无偏倚”。
其中有一人，即第一军第六支队长朱.德，一点不错，这便是世人熟知、大名鼎鼎的朱老总。朱.德有一篇纪念其母亲的文章，曾收录在中学语文课本。他在那里提到了，他家的一笔外债，在他当护国军旅长时才还清。只是，这个时候，他还是个支队长，也就是团长。
洪宪帝制以前，袁世凯就一直视云南为异己，对云南的军队实行的是削减的政策。对云南的军费，则是一压再压。到了民国三年的云南军费已降至三十二万余元，民国四年更减到了二十四万余元，又减少了四分之一。
由于军费减少，自然不能多编部队。因此，云南当时现役兵只有两师，一个混成旅，一队宪兵和十余个独立步兵连，一个独立步兵营，九十三个警卫队。
在举义讨袁的出师计划中，第一军要编三个梯团出四川，第二军编两个梯团出广西入广东，第三军编一个梯团及先遣一纵队出贵州会师湖南。
有一支队扎武定，远图成都，另编挺进一军由贵州直趋辰、沅、常德，伺机进兵武汉、荆、襄。这样一来，云南的精锐现役部队大部分都已抽空。无论前方后方都需要大量人员补充。
唐继尧随即委任蒙自道尹兼护国军第二军参谋长何国钧为义勇军司令官，募集义勇四千余人。派马文促为游击统领，黄文忠为游击队统带，并在昆明设立征兵事务所。增编新军二十团（原有八团），警卫团四团（原有二团），骑兵、炮兵各一团。
新编各团团长是：
禄国藩为第九团长、朱.德为十团长、盛荣超为十一团长、杨体震为十二团长、李修家兼十三团长、黄永社为十四团长、李植生为十五团长、刘法坤兼十六团长、马为麟为十七团长、马骢为十八团长、缪嘉寿为十九团长、马轸为二十团长、马梁为二十一团长、邓埙为二十二团长、林桂清为二十三团长、徐振海为二十四团长、方声涛兼二十五团长、钱开甲为二十六团长、段廷佐为二十七团长、周宗濂为二十八团长、陈维庚为警卫第二团长、叶荃兼领警卫第四团长、廖鼎高为骑兵团长、李朝阳为炮团长。
各团先后成立，日夜勤加训练，厉兵秣马，准备出征，较起义前的兵力增多了二倍。
军队扩充了，紧接着是饷械问题，云南本是靠协饷的省份，现在军费既要自己负担，又要扩充军队，因此筹饷购械成大难题。
经军政.府反复商定，筹饷办法如下：
（一）向各机关提借存款，计铁路局十五万元，水利局十四万元，垦殖局二万余元，电报局一万元，造币厂五万元，制革厂三万元，织绒厂十五万元，商号借款五万余元，救国储金五千余元，借用河口商款十二万余元。共计七十二万余元。
（二）裁并闲冗机关，停办中学以上学校，将所有款项移助军费，每个月约三万余元。
（三）举义前中央由盐款月拨协款十二万五千元，举义后商准稽核分所尽数截留，自四年三月起至十一月底止，共收银一百六十七万余元。以九个月计，每月合十八万余元。
（四）设立筹饷局劝导各县殷实绅民，捐资济饷。规定额数，大县一万五千元以上，中县万元以上，小县五千元以上，计全省大县十三县，合十九万五千元。中县二十四县，合二十四万元。小县五十九县，合二十九万五千元。共计全省额定七十三万。
综计收获实数二十九万六千余元。
又由省会劝捐，共收获银四万零二百余元。未收银三万一千余元。又各厘局行政委员分治员，亦劝捐报缴，共收获银一万五千余元。以上总共收获三十五万一千余元。
（五）派古道、赵伸、吕志伊、龚振鹏、寸如东、郿煜煌、张南生等，前往南洋一带及香.港、越南、缅甸各处劝募华侨捐助军饷。
各地华侨先后汇到香.港富记共收获银十万六千余元，上海共收获银一万元，军需局共收获银一万二千余元。三处共收获实数一十二万八千余元。
（六）将云南中国银行银币二百万元，分发第一军携入四川一百万元，第二军八万元，第三军第一梯团二万元，挺进军十万元。其余八十万元，均作本省军饷。
（七）颁布护国公债条例，发行护国公债一千万元。后因故停止发行。