为表示支持这次南京会议的召开，五月十七日，袁世凯打电报给冯、张、倪三人，电云：
“予自退隐田园，无心问世。不幸辛亥变作，强与诸君子出任国事，不避艰险，而心长识短，丛脞横生。自滇省发难，远近骚动，既无洞察之明，又乏应变之策，夙夜惭怍，早存退志。迭与政要诸人密筹善后办法，众谓对内对外，关系极重，稍有不慎，危亡随之。近日唐继尧、刘显世、陆荣廷、龙济光等以退位为要永，陈宦亦相劝以休息，均获我心，予德薄能鲜，自感困苦，亟盼遂我初服之愿，决无贪恋权位之意。
“然苟不妥筹善后而撒手即去，听国危亡，固非我救国之本原，尤觉无以对国民。目下最要在研究善后之道，一有妥善办法，立可解决。该上将军等既约同各省代表就近齐集，讨论大计，毋任欣慰。时局危迫，内外险恶相逼而来，望将善后办法切实研求，速定方针，随时与政.府会商，妥定各负责任，使国家得以安定，不致立见倾覆，幸盼遏亟！”
明面上摆出一种超脱的高姿态，暗中却调兵遣将，作最后挣扎。他命梁士诒负责赶筹军费，命曹汝霖许日本以优厚条件交换政治贷款。
这个时候，陕西、湖南等地已经近乎失控，袁世凯首先拟定了一个“征湘、定陕、固鲁”的计划。
计划是派倪嗣冲为征湘统帅，事定后调王占元督理湖南军务，以倪嗣冲督理湖北军务。派雷震春由河南进军陕西。调开态度暧昧的靳云鹏，派张怀芝督理山东军务，对山东民军进行镇压。
另一方面他准备调冯国璋为征滇总司令或内阁总理，筹备向西南护国军再度发动全面攻势。同时许张勋督理江苏军务，以换取张对自己的拥戴。
南京会议于五月十八日开第一次会，出席南京会议的十七省代表名单是：江西何恩溥、程用杰，山西崔廷献、李骏，山东孙家林、丁世峄，河南毕太昌、叶济，奉天赵锡福、王恩洪，吉林张恕、戴艺简，黑龙江李景林，湖南陈裔时，湖北冯煦、杨文恺，福建贾文祥，上海赵禅、王滨，直隶吴焘、刘锡钧，热河夏东骁，察哈尔何元春，绥远熊开先，徐州万绳栻，蚌埠裴景福。
从十九日至二十一日，连续召开开第二次、第三次、第四次会议，二十二日召开第五次会议，因无结果散会。
在首日的第一次会议上，山东代表丁世峄提出袁世凯必须退位的建议，这当然是得到冯暗中支持的。
丁世峄是辛亥年首先在山东策动独立的人，筹安会成立前，他曾密呈袁主张改行帝制。湖南代表陈裔时附和丁的建议，各省代表也没有反对，看起来，袁退位问题在南京会议第一次会议中已占了极大的优势。
不料当天晚上形势为之一变，倪嗣冲带了三营卫队赶来南京。倪本来已派了裴景福为代表出席南京会议，他率领卫队来开会，很明显，他是受了袁世凯的指使，来掌控会议的。
倪嗣冲到南京后，五月十九日参加了第二次会议。
他首先发言，主张维持袁的总统地位。丁世峄站起来反对倪的意见，湖南代表陈裔时、湖北代表冯煦、江西代表何恩溥先后发言，附和丁的意见。
倪气势汹汹地问丁说：“你是不是靳将军的代表（这时靳尚未被撤职）？靳将军是拥护中央的，你为什么私通南方？”
陈裔时代丁解释说：“不是不拥护中央，而是君子爱人以德，也是为了袁大总统。”
冯煦、何恩溥也随声附和说：“主张退位并不等于反对袁总统，而是为袁总统设想。”
倪听了后立时要翻脸，担任会议主席的冯国璋一看局面紧张，赶快把话拉开，把会议主题列入“能战始能言和”问题上。
张勋的代表万绳栻先一天没有表示意见，这一天却完全支持倪的意见，反对袁退位。 由此其他的代表遂不敢对此问题发言，于是会议中对于袁退位问题便作不出结论。
关于备战问题，倪与万绳栻询问各省能出多少兵？山东、江西和两湖代表都不做声。
河南：可出一旅。山西：无力帮助邻省，财政亦无余力。奉天：他省有事，可出兵两万。
吉林：断言东三省因外交上无余力出兵。如外患上用兵，可出两千。直隶：如山东无事，可出兵一千五百人。
察哈尔、绥远、黑龙江、福建、上海、宁夏、安徽等地均表示无力出兵。
袁世凯本想通过这次会议，从各地抽调一大批兵力征讨护国军，倪嗣冲才有此一问。见到这样的结果，也只能作罢。
五月二十日南京会议举行第三次会议，冯国璋首先声明：“关于退位问题，本会无权表决，应召集国会来讨论决定。”
与会代表一致同意，可是又提不出召集国会的办法。
五月二十一日的第四次会议和二十二日的第五次会议经过了一再磋商，才决定了丁世峄的提案，且为冯国璋所赞同的办法。通电邀清独立各省代表参加南京会议，解决总统问题。
倪嗣冲对于独立各省代表共坐一桌开会讨论是不赞成的。张勋一心想取得督理江苏军务，内心亟愿把冯赶走，便和倪采取同一态度。
南京会议结束后，冯、张、倪联合发表通电云：
“云南唐蓂赓先生、贵州刘如舟先生、广东龙子诚先生、南宁陆干卿先生、杭州吕戴之先生鉴：华密。天祸中国，自启内讧，战端一开，造成浩劫。已经独立各省，困于杼柚，扰于兵戎，人民何辜，惨遭荼毒。其未独立各省，亦复惧祸无日，望治无期。风鹤频惊，难安启处。同舟相敌，嫌衅日深。夫以我国介列强之间，承积弱之敝，整齐固结，犹虑不遑，岂堪一再摧残，重伤元气。无如举事者之初意，本出于爱国热忱，而现政.府之转圜，亦抱定息争主旨，徒以意见隔阂，不能融洽贯通，遂尔背道分驰，乖离愈甚。
“虽彼此久已停战，而解决尚属空言。军队有枕戈坐甲之劳，商旅有裹足柅车之戒； 百业停滞，众议沸腾，内部分攘，国将不国。长此因循不断，险象且百倍今兹。悲我者利用时机，已抉藩篱，而进窥堂奥，骎骎见逼，应付几穷。倘不审度国情，速筹正当办法，惟知谬执己见，日以语言文字相诘难，窃恐辩论方无已时，而主宰之权已不属诸我国人之手。方念及此，心骨皆寒。勋、国璋、嗣冲忝荷仔肩，安危与共，值此存亡呼吸，何容坐视沦胥。
“昨经电约十五省将军、巡按使，遣派全权代表，到宁迭次开会讨论，佥谓今日时局，当以救亡为前提，顾非统一，则无以救亡，非联合，则难期统一。第推测外界之情形，轸念人民之苦痛，联合统一之道，自以和平为先。至于总统问题，关系国家存亡，既非五省片面所能主张，亦未便以十五省之心理为依据，亟宜研究妥善办法，以救危亡。今拟定南京为集议地点，由五省选派政治法律专家为全权代表，或五省共派数人，或每省各派一二人，订期来宁，与十七省代表共同研究，议决实行。勋等讨论告终，业已全体一致，欲挽目前之倾覆，宜视事实为转移。五省果具同情，当不坚持异议。中央宣言救国，尤必曲谅苦衷，并力图存。时乎不再，用特通电布闻。接电后请迅速电复，并派定代表来宁，曷胜翘企。张勋、冯国璋、倪嗣冲。”
张勋见此电后，觉得有些提法不符合自己的想法，便又以个人名义发表通电云：
“据敝处代表回徐报告，此次江宁之会，冯上将军于第一次会议提出三项问题；第二次会议时，业经各代表依次宣言，知各省军民长官，多数皆以拥护中央，保存元首为宗旨，是退位问题，已属无可讨论。且由冯上将军主张，欲求乎和，非先以武力为准备不可；所有应奋军旅饷项，并经各代表预先分别担任，冯上将军并以前敌自认。敌忾同仇，可钦可敬。惟湖南代表有爱人以德之言，迨经倪将军详言辩诘，则亦无词置对。足见公论所在，断非个人私见所能违拗。
“不意第四次会议时，鲁、湘、鄂、赣诸代表，竟于议案范围以外轻遽发言，或以外人逼胁为言；或以用兵困难为说，辗转波折，故甚其辞，几将前经公决议定铁案，一概抹煞，重行讨论。显见受人播弄，暗中串合，故与南方诸省同其声调，必非该本长官所授本意。况靳、汤、王、李诸将军，公忠体国，威信久孚，或军当困难，百折不回；或地处冲繁，一心为国。勋处屡接来电，莫不慷慨淋漓，令人起敬；而该代表竟敢擅违命意，妄逞言锋，实属害群之马，允当鸣鼓而攻。
“虽现在电致南方各省，令派代表到宁与议，复电能否依从，尚难遽定。而我方内容，则不可不加整饬，以求一致。诚以退位问题，关系存亡，非特总统人才难于胜任，即以外交、军政、财政而论，险象尤难罄述，如果国本轻摇，必沦胥俱尽；即使南方各省，果派代表到宁与议，亦当一意坚持，推诚相告，必不见听，即以兵戒。倘内容不饰，先馁其词，则国家之亡，有可立待。用此通电布告，愿我同胞，共相砥砺。设有非议此旨者，即以公敌视之可也！临电迫切，无暇择言。勋。有。”
南京会议的最后的结果，是让各方都很失望。冯国璋没有达成心愿，袁世凯的事没办成，张勋也没如其所愿。是什么问题也没解决，以不了了之而收场。
但是，南京会议清楚的表明，袁世凯和他的政.府,已经不能控制大多数的未独立省份。