戴戡下落不明，黔军失败，这一连串消息传到北京。
研究系的首领梁启超十分激动地在国务会议上发言：“我们一定要救援戴循荐（戴戡号），一定要制止刘积之（刘存厚号）的叛变行为。”
但是，段祺瑞对此不加理会。
七月二十四日段祺瑞任命“中立者”周道刚代理督军。
二十七日梁又在国务会议上主张惩办刘存厚，段祺瑞不好答复，曹汝霖起立发言，借口四川问题真相不明，难作决定，而把梁的建议搁了下来。
周道刚由重庆到了内江。但滇军在嘉定、青神、仁寿、资阳一带已被川军二、三两师击退，资中会议无法进行，周道刚乃折返重庆。
由于川战扩大，段祺瑞于八月六日派吴光新为四川查办使，率领北军入川查办，并责成湖北督军王占元派兵接防岳州。
八月八日又下令催促罗佩金、刘存厚遵照前令迅速入京，所部军队均交周道刚接收统率。
这时候，川、滇、黔军或许才明白段祺瑞的心思：是千方百计派北洋军来统治四川。如此，大家又感到有合力抗拒北军的必要，矛盾有所缓和。
随后周道刚、熊克武建议继续进行调停，罗佩金首先表示接受。
八月十日周道刚就任代理四川督军，熊克武在夔府和万县沿江地带，布置炮兵阵地，准备迎击北军。
同日，从四川回到北京的蒋方震，向内阁及国会报告戴戡已经战死的消息。研究系大为震怒。
这时段祺瑞才发表刘存厚部下团长廖谦的报告：“七月二十一日，戴戡在成都百里外秦皇寺自杀身死。”
同时发表周道刚的报告：“戴前督行抵华阳县属秦皇寺附近，突遇前方败退回来之川军，双方因误会开枪互击，戴督中弹身故，其灵柩已由川军运回省城。”
事实上，戴戡是被川军击毙的，同时死难的还有黔军混成旅旅长熊其勋、督署参谋长张承礼，财政厅长黄大暹等。黔军五千人全军覆没。
八月十日举行国务会议时，段祺瑞提议追赠戴戡为陆军上将，给银一万两治丧。
梁启超满腔悲愤地坚持要严惩刘存厚，为死者雪冤。段表示要查办后，才能确定责任。梁启超大为生气，不待会议终场即拂袖而去。
这是研究系加入段内阁以来首次受到冷遇，也就宣告了段和研究系的蜜月期的结束。
研究系在政治舞台上最红的时期，也是它政治上开始堕落的时期。受到这次打击，从此在政治上的影响越来越小，终于沦为一个无足轻重的政客集团。
川、滇、黔军的第二次调停也无效果。
戴戡是护国名将，他不幸遇难的消息传出，加剧了四川的紧张局势。
罗佩金因救援戴戡不利被免职，由宜宾返回云南，此后在川滇军就由顾品珍指挥。
顾品珍（1883—1922），出生于云南昆明，一九零四年赴日本留学，入东京振武学校，并加入中国同盟会，后转入日本陆军士官学校。一九零八年毕业回国后，任云南陆军讲武堂军事教官兼骑兵监督。
一九一一年，昆明重九起义中，顾品珍率人先攻占巫家坝骑兵团阵地，后又攻入城内。顾品珍在战斗中英勇顽强，在塘子巷与清军骑兵队遭遇，双方搏杀，击溃清军。
云南军政.府成立，顾品珍任军政.府参谋部所属辎重弹药部部长。之后，顾品珍参加滇军援川军入川，任谢汝翼所部第一梯副梯团长。回滇后，曾任滇军第一师、第六师中将师长、云南陆军讲武堂学校校长等职。
云南发起护国首义，出兵讨袁。顾品珍任护国第一军总司令蔡锷所属主力第三梯团长。随蔡锷由昆明经宣威入川，与北洋军张敬尧、吴佩孚、李秉之等部鏖战泸州。
到了这一年的八月，又发生了“资内争夺战”。
此时，唐继尧已派大批滇军入川，邓泰中、李友勋两旅与赵又新部合驻自贡，黄毓成、叶荃两军与赵又新另一部共驻泸州，顾品珍军据守简阳、资中、内江、隆昌一带。刘显世亦派黔军第一师师长王文华率兵屯集川黔边境，伺机出击。
川军方面，第一师周道刚部驻重庆，第二师刘存厚部沿岷江上游布防，第三师钟体道部在沱江东岸和涪江下游沿线布防。
川军的作战方针是，先打滇军，后打黔军。
月底，川军第二、三师进攻简阳、资阳，与滇军发生激战。顾品珍腹背受敌，先后放弃简阳、资阳、资中、内江、隆昌等地，分队退往富顺、自贡。
九月十二日，顾品珍命金汉鼎旅三日内收复内江，滇军乃向内江急进。川军阻击，战斗相当激烈，内江的争夺几反几复，死亡枕藉。
九月二十二日，滇军撤出内江，一路经自贡向宜宾撤退，一路经富顺向泸州撤退。资内争夺战以川军获胜而暂告结束。
十月十四日周道刚卸下了“中立”伪装，通电斥责滇军顾品珍在内江首先进攻川军第三师。
刘存厚则一再催促北京政.府下令讨伐唐继尧。
四川这场战争，川军占有地利，利用川人反对滇军，加之人多势众，一直是占上风的。
吴光新是段祺瑞的内弟，胆子很小，他奉命入川，却在宜昌逗留了一个多月不敢前进。
段把属于国民党的熊克武调为川边镇守使，把川军第三师长钟体道调为重庆镇守使。同时电令陕西督军陈树藩派陕南镇守使管金聚统率一个混成旅开进川北，以策应由湖北开入四川的北军。
十月中旬，川、滇两军在北江、威远、荣县展开了拉锯战，唐继尧把后援部队庚恩旸、黄毓成两军都开到永宁和叙州。
段打算下令讨伐唐继尧，责成刘存厚驱逐滇军出川。
冯国璋持相反的意见，主张不要扩大事态。
段又建议调唐继尧到北京担任参谋总长，如唐不肯北来，即下令讨伐。
明知唐不会离开自己的巢穴来京，这等同于下讨伐令，冯同样不予支持。
争论不下，最后冯作这样的让步。就是只讨伐滇军，不提唐继尧。
十月十七日北京政.府下令谴责在川的滇军将领黄毓成等，令其迅速退出四川，责成唐继尧查复。
十月二十日吴光新率领李炳之混成旅开入重庆，熊克武将所部川军第五师移驻重庆城外五十里，但本人仍留在重庆。
这期间川军第二、三两师夺回内江、威远、荣县、自流井、富顺。滇军向泸叙退却。
十月三十日，北京政.府下令斥责滇军将领顾品珍、赵又新、黄毓成筹集结兵力于泸县、富顺、自流井向川军攻击，均予褫职通缉处分。
十一月十二日授周道刚为四川督军，刘存厚为四川军务会办。
段把吴光新督川任命廷搁，是因为刘存厚有电到北京说：“川事川人可了。”段要利用川军打滇军，所以只好将就川军。
十一月六日，唐继尧由昆明移驻毕节，想亲自出马挽救滇军一蹶不振的局势。
十一月上旬，依附北洋集团的川军第二师和第一、第三师各一部，向川南靖国滇军发动全面反攻，下旬占领泸州、叙州(今宜宾)等要地，滇军节节向南败退，情况十分危急。
此时，中山先生已在广东召开非常国会，兴兵护法，唐继尧的靖国军也打出护法讨逆的旗帜。蔡锷任四川督军时委任的宁、雷、马、屏屯殖使兼宁远汉军统领张煦响应护法，张煦所部被唐继尧编为护国军第七军，和四川响应护法的其他队伍一道，也被称为四川靖国军。
为扭转靖国军败局，唐继尧决定以大部兵力坚守川南，牵制川军主力向川东机动。以第四军李友勋旅、第一军何海清旅，分出合江、永川，秘密进入江津，协同在綦江地区的黔军和四川靖国军，向防守比较薄弱的重庆方向进攻。试图切断北洋军援川的重要通道，孤立川南川军。得手后，再由东向西，与川南靖国军夹击川军主力，进而夺取成都。
十一月十二日，黔川靖国军由綦江分两路向重庆方向发起攻击，一度受挫，后在滇军协同下，夺取重庆外围部分据点。
十一月三十日，黔、川靖国军由重庆东南，滇军从西南夹击重庆。战到十二月三日，攻克铜罐驿、白市驿等要点，进迫浮图关。吴光新和周道刚等见大势已去，弃城逃走。
四日，滇黔川靖国联军进占重庆。嗣后，联军分三路向成都方向开进，协同川南滇军主力进击成都和反攻泸(州)纳(溪)地区。
此战史称“四川靖国战争”，以滇黔川靖国联军大胜，川军大败为结束。
十二月八日，北京政.府匆匆忙忙任命刘存厚为四川督军。因为这个时候，广州已经成为段祺瑞内阁的心头大患，段已经没有更多的精力顾及四川了。