段祺瑞罢免陆荣廷、陈炳焜、谭浩明的命令需要总统盖印，冯却予拒绝，他委婉地说他不愿看到事态扩大。
但是，他又不敢坚持己见。见段祺瑞反应强烈，于十月二十日还是下令，罢免广东督军陈炳焜，派李耀汉兼署广东督军，莫擎字会办广东军务，李福林接任广惠镇守使。
十月三十日，段内阁又加授李耀汉为陆军上将衔，莫擎宇升任为陆军中将。
李耀汉、莫擎宇和李福林都是广东地方派军人。原任广惠镇守使莫荣新是桂系大将，这是段在利用广东地方派来反对桂系。
冯国璋把罢免陆荣廷的命令留中不发，使段祺瑞大为不满。
他退了一步，再度拟好了三道命令送给冯。一是调陆荣廷为宁威上将军，着即迅速来京；二是特派龙济光接任两广巡阅使；三是责成新任广东督军李耀汉严令桂军开回广西。
段一方面催促冯盖印，一方面派人到处散播要政变和驱逐总统的谣言。
十一月六日，这三道命令在冯国璋面前放了好半天后，他终究还是盖了章送交印铸局发表。身边的人从没见他脸色这样的难看，一时间没有人敢和他说话。
此时此刻，冯才深切体会到，黎元洪当这个有其名而无其实总统有多窝心。他有些后悔入京当这个空头总统，气得晚饭都没有吃。到了半夜，实在不甘心，又派人到印铸局把三道命令追了回来。
段祺瑞第二天未见到总统命令发表，一问印铸局，才知被总统追回，大为光火。便于上午亲入公府见总统。他见到冯后，一点不留面子，声色俱厉地责问冯，为什么讲好发表的三道命令又要变卦，一个总统怎能这样的出尔反尔？
冯面对着这位气势汹汹的总理，无言以对，只好答应第二天发表。待段走后，冯又把命令交到印铸局。
桂系本以为有直系为后盾，便不把孙中山和国民党放在眼中。见到了冯国璋发布的处置陆荣廷等命令后，才知道直系这个同盟者是不可靠的。形势逼人，桂系只能回过头与孙中山和国民党合作。
在傅良佐带北军入湘时，北京政.府就同时指令闽、赣、浙省军队和琼州龙济光部，对粤“同时并举，协力进攻”，以策应湘省作战。
其攻粤部署是：龙军直取钦（州）、廉（州）、高（州）、雷（州）地区，东图广州，并切断粤桂通路；福建派两混成旅沿汀江入粤，进占嘉应州（治今梅州市）、惠州（治今惠州市）地区，西攻广州，江西派一混成旅逾大庾岭，入韶州（治今韶关市）地区，南攻广州，形成三面夹击之势。
十月二十三日，被北洋系收买的广东潮梅镇守使莫擎宇，宣告潮梅镇“对省独立”。与广东省政.府脱离关系，直接听命于北京政.府，并立即派兵攻打惠州。
莫擎宇发难兴兵，为北洋政.府大举图粤制造了契机。
十月二十四日，闽督李厚基在段政.府授意下通电支持莫擎宇，并令汀漳镇守使兼北洋第十四混成旅旅长臧致平率兵十营进援。
此后不久，龙济光也由琼州出兵，抄袭粤省侧背。
于是，段系军队攻粤之战全面展开。
一九一七年十一月十日，陆荣廷在梧州召开军事会议，讨论粤省防卫和作战计划。参加会议的除桂系要员外，还有孙中山的代表胡汉民、海军总司令程璧光、广东省长李耀汉等。
到了这个时候，军政.府在桂系这里，才有了发言权。会上，军政.府代表提出应将屡与军政.府为敌的广东督军陈炳焜调离，并要求将已编为警卫军的原省长朱庆澜的二十营军队，重归陈炯明统带。
陆荣廷当即表示“让步”，建议调陈炳焜为讨龙军总司令（后改为李烈钧），但同时要求陈炯明率所部二十营协助攻闽，借以削弱军政.府的势力。
会议推举陆荣廷为两广巡阅使兼广东督军，陆自称“年老多脖”，派其亲信、原广惠镇守使莫荣新代理广东督军。
桂系不在倚赖直系而谋自救之道，是正确的选择，因为冯国璋在北京处境艰难。特别是当北军在湖南和四川都传来捷报，段祺瑞认为武力平南已非难事，要紧的是去除掣肘之忧。于是，皖系中便有“政变倒冯”和“合法驱冯”两种不同的意见。
政变倒冯是由段祺瑞的幕僚提出来的，步骤是倪嗣冲和张作霖宣布独立，在天津设立临时政.府。推徐世昌为大元帅代行总统职权，然后进兵北京，迫冯下台。而后成立临时参议院为代立法机关，修改《国会组织法》与两院议员选举法，根据这些新法召集新国会正式改选总统。
政变倒冯的计划很诱人，但是冯不是黎元洪，冯有长江三督为后盾。如果倪嗣冲和张作霖发难，长江三督一定以武力相抗。
这样一来，西南的外患未除，北洋反而自己和自己打起来了，同室操戈不是让西南更有机会可趁吗？
至于在天津组临时政.府，还不如广州的军政.府合法。对方有国会，有护法之名，天津组临时政.府算什么呢？如果把直系逼上梁山，和西南联合起来，情况就更难想像了。
段祺瑞再怎么烦冯，也不敢走这一条路。
这时候的他，不知有没有想起黎元洪当大总统的好，是不是后悔当初没听张国淦的话呢！
正当西南纷扰不定，府院之争不解，关外又发生内乱。先是黑龙江，然后是吉林。
黑龙江的内乱，要从督军兼省长毕桂芳说起。
毕桂芳，字植忱，又作植承。北京大兴县人。满族旗籍，民国时乃自承姓毕。少时卒业同文馆，后留学俄国，谙习俄文。曾任驻俄公使随员、北洋洋务局随办。
中华民国初年，帝俄极力煽动外蒙反叛。黑龙江省都督兼民政长宋小濂治边有力，遭俄嫉恨，一九一三年七月沙俄迫使北京政.府将其调离。
袁世凯以毕桂芳娴于俄事，令其护理黑龙江省都督兼民政长。
同年十月末，又将毕桂芳调回北京，任总统府高等外交顾问。
一九一六年五月三日朱庆澜奉调晋京，北京政.府特任毕桂芳护理黑龙江都督兼巡按使，在毕未到任前，由黑龙江省陆军第一师师长许兰洲暂时护理该职。
五月十九日毕桂芳到任视事。六月六日袁世凯死，七月段祺瑞政.府任命毕桂芳为黑龙江省长兼署黑龙江督军。
这个毕桂芳有两大特性，一是怕太太，唯太座之命是从；二是万事不打理，绰号“毕不管”。他虽然万事不管，可是运气好，官运亨通，竟一步一步爬到了黑龙江督军兼省长的高位。
“毕督军”在黑龙江趣话甚多。
一九一七年三月十四日，中德绝交消息传来，黑省人心浮动。这天恰好是“毕督帅夫人”尚氏的华诞。民政厅长先期通知全省各县县长、各金矿局局长、省会各机关首长为夫人祝寿。
第一旅旅长巴英额、骑兵第四旅旅长英顺携带大宗礼品进省。省会警察厅传谕全城商民，一致悬旗挂彩祝寿。
“毕夫人”在督署花园大宴宾客，且传召妓女侑酒，着名的永安里香巢名妓传召一空。席间妓女以清唱酬客，这位“毕夫人”懂得的还真多，哪位妓女唱的有错她还能当场纠正。有的时候兴致大发，她还要合上几句。一时间，督署花园大宴里淫笑之声鼎沸。
席散后有名伶彩排，“夫人”亲自点戏，命傅宝兰演新安驿。这出戏代洞房一节因剧情猥亵，北京内务部曾下令禁演，有人好意提醒。
可“毕夫人”却满不在乎，说：“一定要演这全剧最精采的一段”。
于是，满场便响起一阵喝彩叫好声，“毕夫人”也就越发得意。
都知道人在兴头上好说话，也好办事，有人就等着这样的机会。
撤职听候查办的泰来县县长张毓华也登门拜寿，这位县长三跪九叩大礼，礼毕长跪不起。
“夫人”笑着问：“你为什么不起来？”
张仍伏地不起，用沉重的声调说：“本县士绅诬告卑职，请夫人作主。”
“毕督帅”听了，满含笑容站起来用手搀他说：“小事小事，用不着夫人作主，我代夫人给你开恩，你好好回任当差吧！”
在袁世凯执政期间，奉系军阀张作霖为了扩张势力，曾拉拢黑龙江省陆军第一师师长许兰洲，排挤毕桂芳。早在一九一六年五月，张作霖致电袁世凯政.府阻止毕桂芳到黑龙江就职，请以许兰洲为黑龙江将军，只是未能如愿。
许兰洲在黑龙江盘踞二十年已形成势力，对帮办军事的职位十分不满，“倚张作霖为援，素薄桂芳不习军事”，久已欲取黑龙江督军地位而代之。
一九一七年五月末，因段祺瑞总理被黎元洪免职，张作霖拟联合吉、黑二省和奉天一起宣布独立，当时黑龙江督军毕桂芳持稳健态度，没马上表态。