段祺瑞此次组阁后，日本又提出四项条件：
（一）共同出兵西伯利亚，由日军指挥华军。
（二）发行军用票。
（三）临时管理中国交通、军械、实业、经济、教育、外交。
（四）合组运输大同盟。
日方要中国严守秘密。
一九一八年三月二十四日，中日双方交换照会，消息当然关不住，于是全国便掀起了反对中日秘密外交以及反对继续用兵的高.潮。
段祺瑞在武汉期间已经感受受到来自民众的压力，武汉各团体和商会都派代表直接请愿停止内争。段刚刚压制了直系主和，现又遭遇到了全国性的反战，使他“武力统一”的政策受到更大冲击。
此时，很多情况都有利于南方，如果西南军人真能在护法旗帜下支持孙中山，那么南北局势就会改观了。可惜，桂系和北方直系纠缠不清，西南的实力派对孙并不支持，桂系对国民党也不合作。因此，南方局势也和北方局势一样一团乱麻。
在广东，更是派系林立。有桂系、地方军人、国民党，还有一支滇军，更不用说在海南岛虎视耽耽的龙济光。
而西南两大实力派，陆荣廷在搞大广西主义，唐继尧在搞大云南主义。在广东有粤桂滇军之争，在四川有川滇黔军之争。西南各省内，也有一些有力量的军人与北方勾结，如四川的刘存厚、湖南的陈复初、广东的莫擎宇。
在这种复杂情势下，可以想像孙中山的处境有多困难。
南北分裂局势已成，皖系的武力统一政策无法实现，直系的和平混一政策也无可能。于是有人便提倡“联省自治”。主张以省为自治单位，由各省省议会制定省宪法，然后依照美国的联邦制，联合各省组成一个“联省自治政.府”。他们提倡地方分权制，反对中央集权制。
早在袁世凯称帝时，梁启超就主张地方分权。后来梁领导的研究系加入了主张中央集权和武力统一的段内阁，因此就把这一主张扔在一旁，现在他们又旧话重提。
联省自治的策动者是熊希龄，他有一封长信给岑春煊言道：“今欲行中央集权之统一政治，此后日见其难，实不如改行地方分权之联邦政治，当可徐善其后。”
联省自治的呼声，正符合西南各省议会及各团体所提倡的，以本省人治本省的要求。这个政策也符合各省小军阀和地方主义者保持地盘和权位，因此联省自治的要求一时大受欢迎。
谭延闿是第一个响应这个学说的人。他和熊希龄有深厚的关系，他本来寄望于桂系支持，可是当南军占领长沙后，谭浩明一手控制湖南军政，对他却视而不见。
冯国璋虽然在民国六年十二月七日任命他为湖南省长兼署督军，但桂系却置之不理。这时他在岑春煊之后，以“调人”姿态出现，与岑联名电请北军不进攻岳州，他表示愿回湖南进行调解。
桂系鉴于北方主战派一定要进攻湖南，与其因控制湖南而冒战争危险，倒不如放弃湖南，让谭延闿回来，将湖南划为南北的军事缓冲地带。
冯国璋也认为谭延闿回湘，可成为挽救和平的一线希望。如果谭能说服桂军先退出湖南，则主战派没有理由再坚持军事进攻。
谭要求在他返湘前北京政.府再下一道停战令，可是冯没有这个胆量，只责成谭在返湘经过汉口时和曹锟、王占元直接协商，看能否把军事进攻推迟一下。
北军在湖南要发动攻势时，北方的直系和南方的桂系仍作挽救和平的最后努力。谭延闿在桂系授意下，于三月三日曾由上海到南京。
他提出一个和谈的先决条件，就是南军愿意先退出岳州，但北军也不进驻。
与谭延闿同时奔走的，还有各省省议会.他们准备在南京举行联席会议，推进南北和谈。李纯把谭延闿的建议转达到北京，同时主张把国会问题提交各省议会联席会议解决。
但是，北军已经向湘北进攻，谭延闿只好扫兴地回到上海。
当北军进攻湖南的同时，段内阁命令江西督军陈光远、福建督军李厚基开辟两个战场进攻广东。陈光远虽是主和派，可是大势所趋，也不得不追随主战派出兵。江苏督军李纯，也派第十九师师长杨春普率部开到江西。
夺取广东，是段祺瑞“武力统一”战略中最根本的任务。段政.府认为：“欲谋统一，必先收粤，粤不下，湘不安，战局不了，国是不定”。
在一九一七年九月傅良佐带北军入湘时，北洋政.府就同时指令闽、赣、浙省军队和琼州龙济光部，对粤同时并举，协力进攻，以策应湘省作战。
其攻粤部署是：龙军直取钦（州）、廉（州）、高（州）、雷（州）地区，东图广州，并切断粤桂通路。
福建派两混成旅沿汀江入粤，进占嘉应州（治今梅州市）、惠州（今惠州市）地区，西攻广州。
江西派一混成旅逾大庾岭，入韶州（治今韶关市）地区，南攻广州，形成三面夹击之势。
前边提到过。十月月二十三日，北洋系收买广东潮梅镇守使莫擎宇，宣告“对省独立”。与广东省政.府脱离关系，直接听命于北京政.府，并立即派兵攻打惠州。
莫擎宇发难兴兵，为段祺瑞大举图粤制造了契机。
十月二十四日，闽督李厚基在段政.府授意下通电支持莫擎宇，并令汀漳镇守使兼北洋第十四混成旅旅长臧致平率兵十营进援。
此后不久，龙济光也由琼州出兵，抄袭粤省侧背。于是，段系军队攻粤之战全面展开。
前边也曾提到，一九一七年十一月十日，陆荣廷在梧州召开军事会议，讨论粤省守防作战计划。会议推举陆荣廷为两广巡阅使兼广东督军。陆自称“年老多脖”，派其亲信、原广惠镇守使莫荣新代理广东督军。
莫荣新上任后，鉴于莫擎宇盘踞潮汕，李厚基出兵援潮，在陆荣廷的授意下，决定在进剿莫擎宇部之同时，实施大规模攻闽作战，以策应湘省军事。
十一月二十七日，由程璧光出面，召集滇军总司令李烈钧、粤军总司令陈炯明、督军署参谋长郭椿森以及胡汉民、汪精卫等，在广州海珠开军事会议，商订攻闽方略。
决定成立“征闽海陆联合军”，以程璧光为总司令，指挥海军、滇军、粤军三支部队，分五路攻闽。兵力包括驻粤海军全部，陈炯明之粤军二十营，驻粤滇军全部，和粤省地方军八营，桂军一支队。
具体部署是：以陈炯明部二十营进攻漳州，为第一路。
李烈钧统率滇军两个师进攻汀州（今长汀），为第二路。
沈鸿英率“平潮军”十二营进攻上杭，为第三路。
刘志陆率“平潮军”十五营进攻诏安，为第四路。
程璧光率海军舰队袭击福州，为第五路。
计划确定不久，得悉龙济光于十二月十一日由琼州出兵攻粤，遂重新调整部署：由攻闽粤军总司令陈炯明继续率所部进攻闽省；以驻粤滇军第六军军长方声涛为征闽靖国军总指挥，率所部第八旅（旅长伍毓瑞）、第九旅（旅长夏述唐）进驻潮、汕，策应陈炯明部作战；以李烈钧为讨龙军总指挥，率沈鸿英、林虎两支部队赴粤东南抵御龙济光部；海军则全部参加讨龙作战。
陈炯明于一九一七年十二月八日就任攻闽粤军总司令职后，便着手进行作战准备。
由于原二十营粤军装备低劣，每营仅有枪二三百支，莫荣新又从中掣肘，除拨少量开拔费外，饷弹方面概不负责。
陈炯明等深感实力单薄，出兵困难，在征得孙中山同意后，施行一项扩充实力的方案：一面向地方士绅借枪，一面向海外革命人士募捐饷款。
其中规定，能募到人枪二百者为营长，人枪六十者为连长，人枪二十者为排长，不愿担任军职的按枪付钱。
经过一番努力，共筹集到各种枪二千余支，子弹数万发。这样，加上滇军方声涛部，攻闽军总数达二万人左右。
陈炯明将攻闽军编为若干个支队，每支队辖二至四个营不等，命邓铿为参谋长。
一九一八年一月二十五日，陈炯明在广州誓师攻闽。二十七日，率主力部队离开广州，开赴汕头。
这时，闽省全部军队约有三个师的兵力，其中有福建第一旅（旅长姚建屏）驻福州；北洋第十混成旅（旅长唐国谟）驻厦门；北洋第十四混成旅（旅长臧致平）驻诏安；闽省清乡队（总司令张清汝）驻延平（今南平市）。另有巡防队约四个团分驻各地。总计二万二千余人。
闽督李厚基得到粤军将要攻闽的情报后，一面调唐国谟等部开赴永定、上杭一带赶筑工事，准备抗击粤军，一面迭电北京政.府派兵援闽。
段祺瑞命童葆暄率浙军第一师紧急赴闽。
一九一八年二月中旬，攻闽粤军进抵潮州（今潮安）、汕头一带。但是，陈炯明对攻闽作战并不热心，部队进抵潮汕地区后，忙于招兵索饷，迟迟不向闽省发动进攻，致使北军得以从容调遣兵力，扩充力量，加强并完善了在闽西南的防御部署。
三月二十二日，孙中山致电陈炯明，指出：“若乘敌军初到，地形未谙，利用内应，犹可先发制人”，宜“速下攻击命令”。但陈炯明以“布置未周”为借口，对孙中山之电令置若罔闻。