中国公学的组织是一种民主的政体。公学的发起人多是革命党人，故学校成立之时，一切组织多含有试行民主政治之意。全校分执行与评议两部，执行部的职员是学生投票互选出来的，有严格的任期，并且对于评议部负责。评议部是由班长和室长组织而成的，要定期的开会，有监督和弹劾职员之权。选举、严格的任期是民主制度区别于专制制度的重要特征，执行部对评议部负责并在评议部监督下行使行政权，则有民主制度下行政权和约束、立法机制分立的雏形。把权力置于监督之下，防止独裁和权力的被滥用，这同样是民主制度的题中应有之义。
评议部开会时往有激烈的辩论，有时到点名熄灯时方才散会，说明大家对执行这个制度是很认真的。
两江总督端方每月拨银1000两，派四品京堂郑孝胥为监督。学校有了官派的监督，民主的政体便发生了障碍，执行部久不改选，评议部也有度止的危险。
两江总督端方，其实是个新派人物。戊戌变法中，朝廷下诏筹办农工商总局，端方被任命为督办。他全身心的投入到新筹办的部门当中，他曾一天连上三折，其工作热情与效率，可见一斑。
升任湖北巡抚不久，随即办起了六十余所新式学堂并派出大批的留学生（其子也赴美国留学）。
光绪三十年（1904年），代任两江总督创建暨南大学。之后，他调任湖南巡抚。半年内便建有小学堂八十多所。据说，端方在调任江苏巡抚时，上任伊始便革除了各州县例送红包给新任巡抚大人的陋习，并用红包的钱选派两名学生出国留学，一时传为美谈。
在历任上述封疆大吏期间，端方鼓励学子出洋留学，被誉为开明人士，“奋发有为，于内政外交尤有心得”。
中国公学简直就是个革命党人的培训学校，能够为这样的学校每月拨银1000两，是很能说明问题的。可惜，这样一个开明之人，最后还是死于革命党人之手，不能不令人惋惜。
胡适写到：“到了申之秋，评议部与职员发生激烈的冲突，结果致绝大多数学生整队退学，自行组织中国新公学，仍继实行民主政治，支持至一年余始解散。这三年多的维形民主国，在中国政治革命上是很可纪念的。＂
1952年12月23日，胡适在中国公学校友会欢迎会上讲话中，又强调了中国公学当年的共和民主的政体在教育上的试验意义，他说：“中国公学和中国教育制度以至民主的政治制度，也有很深切的关系。当时我们母校的教育制度，有着一点独持的作风，这种作风便是民主制度在教育上的试验，当时校内并不设校长，而三位干事共同负责处理校务，成为学校行政机关。另外由全体同学推举班长、室长，实行自治，并且选举评议员，组织评议会，成为学校的立法机关。一切校务虽由干事部负责执行，但必须先经评议会通过，完成立法程序。”
后来当过中国公学副校长的亮功至把这种“学生治校”的制度，和欧洲中世纪大学创始时的制度作了比较，充分肯定了它在中国教育史上的创新意义。
中国公学实行的这种高度民主自治的管理制度，自然受到广大革命热情高涨的同学的欢迎与拥护。但从实际出发，它在中国这块土壤上，显然缺乏充分持久发育的外部条件。
至少有三个方面的原因，使中国公学的“民主共和国”于解体的危机。
一、学校内留日学生逐渐减少(部分又回日本复课了)，而新招的学生逐渐增加，已不是当初发起创学时学生与管理彼此不分界限的情形。
二、当时上海社会和官方，对这种办学制度的忌疑与不满日益增大，缺少社会尤其教育界人士的理解与同情。
三、学校没有两江总督端方的官费资助便办不下去，而接受了官方的资助，便无法抗拒官方在管理制度上插手学校。
最初创立时不设校长，干事部的干事分任教务、度务、商务，后来推郑孝胥为校长，聘马君武为总教习。马君武赴国外留学后，总教习之职便度止。公学受两江总督的津贴之后，校长改为监督。第一任监督是郑孝胥，第二任为夏敬观，同时成立了郑孝胥、张赛、熊希龄等几十人参加的校董事会，推举张赛为会长。在董事会制与监督制的双重压迫下，学生自治的民主政体开始瓦解。
尽管郑孝胥、夏敬观这一些社会名流忙于诗坛和文坛，对校务毫无兴趣，但公学的民主政体已经受到严重压抑。原来公选的干事改为由学校聘任的教务长、庶务长、斋务长，而且新校章取消了评议部这个以学生为主体的“立法机关”。这就激起了广大同学的强烈不满。他们抓住校章上“非经全体三分之二承认，不得修改”的“法”条文向校方表示抗议，认为三位干事自修改校章是非法的，取消评议部也是非法的。
为此，全体同学就组织了一个“校友会”，类似于现在的学生会组织。校友会与三位干事争议了几个月，终于达成了由全体学生修改校章的协议。又费了几个月，开了许多会，校友会把修正意见整理出了一个草案，议定一本新校章。谁知校章草案递上去后，监督与董事均不承认，于是双方的情绪冲突便不可避免。“修宪”成了这次大风潮的导.火.索。
190年旧历九月三日，校友会召集大会，向全体学生报告关于新校章交涉的经过。大会未散，监督贴出了布告，完全否认学生有改订校章之权，把先前三干事与全体学生达成的协议撕段了。紧接着又出了两道布告，一道是“集会演说，学堂悬为万禁，……校友会以后不准再行开会”。
从中国公学分立出去的新公学，同学们顶住了一切困难，一心一意要把新公学办成一所教员好、功课紧、管理严的好学堂。
因缺少教员，新公学的教务千事李琴鹤要求胡适担任低年级各班的英文教员，他深信胡适当时的英文程度足可以当一名合格的英文教员。条件是：每周三十小时课，月薪十元。因为是自家同学当教员，薪水不能领全额，需得拖欠一部分。
胡适答应了，原因很简单，他的困窘的经济状况不允许他继续求学。聘为教员的被信任感与荣誉感使他感到欣悦，而巨大的责任感，又使他一开始，就十分认真而热情地面对自己的这个全新岗位。那时他还不足十七周岁。
胡适当了一年新公学的英文教员，每天上课六小时，还要批改作文卷子。胡适教书生涯的第一批桃李中，出了几位相当有名气的人物，如饶毓泰、杨杏佛、严庄、张奚若等，他为有这样的优秀学生而感到自豪，也为自已没有误人子弟而感到欣慰。
胡适后来说：“以学论，我那时怎配教英文？但我是个肯负责任的人。肯下苦功去预备功课，所以这一年之中还不曾有受窘的时候。＂又说：“这一年的教书生活虽然很苦，于我自己却有很大的益处。我在中国公学两年，受姚康候和王云五两位先生的影响很大，他们都最重文法上的分析，所以我那时虽不大能说英国，却喜欢把英语文法的结构拿中国文法来做比较。在文法方面得着很好的练习。”
《竞业句报》的编辑锻炼了胡适的白话作文能力，当新公学的英文教员则磨出了胡适扎实的英语水平。而这也成为了他后来人生的两个重要基点。
中国新公学在艰难困苦的条件下支撑了一年多。老、新两.个中.国公学在竞争中，尽管新公学的声望比老公学高，学生也比老公学多，但新公学的经费拮据已经到了十分严重的境地，一年之中亏空已在一万元以上。
尽管同学们大家经济上同舟共济，学校仍是入不敷出。教员欠薪或拿不到全薪，干事处常常受到各种捐税部的责难和警告。前边说过，主要干事朱经（后改名朱经农)因经费困难忧愁过度，曾经神经错乱地跳到一条小河里，幸遇人救起，不曾丧命。
学校虽然派出了阵容强大的募捐团四出活动，毕竟短期内没有相当乐观的效果。也就在这个时候，老公学又发出了调停合并的信息。“中国新公学”的招牌，一天不去，“中国公学”便一天不得安稳发展，更怕新公学的募捐成功，对立局面便更会旷日持久地僵持下去。
老公学提出相当宽厚的调停条件，期望将新公学归并回来：
一、凡新公学的学生愿意回去的，都可以回去；
ニ、新公学的功课成绩全部承认；
三、新公学所有亏的债务，一律由老公学担负清偿。
靠一班少年学生的热情和精力办学，究竟不能持久，新公学方面不能不认真考虑这个调停条件。所以到了1909年旧历十月，新公学正式接受了调停条件，决议解散，愿回老公学者，自动回去。
大部分学生回去了，但仍有多人不回去。胡适就是死硬派中的一员。
中国公学的这一次风潮，在少年胡适的脑海里，之所以留下有磨不去的印象，以至于他在后来的年代里又多次反复地谈论，最主要的原因就在对民主政体的首次训练或考验，自己掌握自己命运，自己管理自己的信念的认真实践。
或许，正是在这次风潮中，胡适初步培育起了他崇尚民主自由的精神家园和意识形态。他始终为曾经参与了这次风潮并坚持到底，而感到一种“情绪上的餍足”。
尽管二十多年后，他在《四十自述》中撰写这一段历史事实时，已经充分意识到青年人理智被感情压抑的一面，但他更强调处在青年人对立面的中年人“和青年人同样的失去了运用理智的能力”。
他指出：“专责备青年人是不公允的。”
从一个认识的高度，“保护了青年人神圣而纯洁的热力心志与难能可贵的牺牲精神”，这里当然也珍藏了他自己少年时代那一份极其珍贵的悲壮情绪。
他在记叙中国公学风潮这一段历史时无疑充满了激情，因为这一段历史的回忆似乎很不寻常地勾引起并厮缠住了胡适当年的少年意气，或许这又正是他成了大名的二十年后，愿意出任他的母校的校长的一个潜在的心理原因，并或多或少显出了其间的一种微妙缠绵的少年情结。