谈到不这次人事变动，杨杏佛说，与“革命势力已达长江，黄炎培、丁文江相率辞职”有关，其目的是为了“和缓各方之空气”。他还说，当年北京各团体选举中基会时，蔡元培和汪精卫得票最多，但是郭秉文却“藉口孟禄、曹锟之反对，不使入选”，从而使中基会沦为“少数私人垄断中国文化之工具”。杨的话是1928年6月在写给外交部长王正廷的信中讲的，当时杨是大学院副院长（院长蔡元培），大学院是管理全国学术教育的最高行政机关，因此这封信见报后影响极大。尽管任鸿隽也承认“杏佛所说有许多并非事实”，但这件事表明南京国民政府成立后，中基会所面临的严酷处境。
1928年6月底，酝酿多日的中基会第四次年会还未召开，社会上已经是满城风雨、谣言四起了。当时不仅郭秉文、丁文江等人不能为新政权所容，就连胡适也好像也大祸临头。
7月上旬，朱经农寄给胡适一份剪报，内有北京市民大会电请国民政府通缉段祺瑞等人的消息，大会还要求将胡适作为“三一八”惨案的“附逆党徒……一体拿办”。
7月27日，《民国日报》有消息说：蔡元培在“国府席上，提出的改组中华教育文化基金董事会案，即任命胡适、贝克、贝诺德、孟禄、赵元任、司徒来登（即司徒雷登）、施肇基、翁文灏、蔡元培、汪兆铭、伍朝枢、蒋梦麟、李石曾、孙科、顾临等为董事，……还提出了中华教育文化基金董事会章程修正如下：原章第三条‘董事由大总统任命’，以后缺出‘由董事会自选继任董事’，改为‘……董事任期三年，期满由大学院根据全国学术界公意，提出人选，呈请国府另行任命’。”
胡适将此类剪报保存在日记中，还在上述“章程修正”后加了“此条最无道理”的眉批。
为什么说“此条最无道理”呢？胡适在8月11日写给蔡元培的信中做了解释。
他说：“文化基金董事会章程的基本原则为脱离政治的牵动，故董事缺额由董事会自选继任者。前年我们在上海所拟英国庚款董事会的组织，即依此原则为标准。今忽废去此条，改为董事三年期满由大学院呈请政府任命，便是根本推翻此原则了。”
这就是说，按照原章程规定，董事会一旦成立，其人事变更以及各项事宜就应该脱离政治，不再被政府左右。这个“基本原则”不仅保证了中基会及其教育文化事业的独立，也为其他国家退还庚款树立了榜样。然而由蔡元培提出的章程修正案，却从根本上推翻了这个原则。
胡适还对蔡元培说：提出这种建议的人也许是“以为当日政府不良，故须防政治的牵动；今为国民的政府，不应防御其干涉了”。这种想法看似有理，然而“事实上政治是否完全，是否尽如人意，谁也不敢担保”。何况“先生在大学院，能有几年，大学院自身能存在几时，都不可知”。因此学术文化教育事业对于政局的变动和政治的干涉，“似亦不可不防”。此外，胡适还为张伯苓、周诒春等董事作了辩护。
为此，胡适在当天日记中说：“写了一封信给蔡先生，讨论中华文化基金会的事。此事我若不开口，别人更不开口了。故我不能不说几句话。”
第二天，胡适还就此事与傅斯年作了长谈，并表示准备辞去大学院委员和中基会董事。对此，傅斯年当即进行了劝阻，后蔡元培得知后，也来信好言相劝。只是，这两个人对这个问题都没有胡适敏感，也没有看到问题的严重性。
8月31日，胡适在日记中写道：“中华文化基金会事，我本想辞了不干，但叔永（任鸿隽字叔永）力劝我勉强不要辞，将来或可尽点维持之力。我不忍太坚持，只好暂搁起来再说。”日记之后，还有一份大学院公函、一份剪报、一通周诒春致任鸿隽的信。前两份材料证实上述改组方案已获国民政府批准，后一封信则谈到贝诺德、顾临和司徒雷登等美方董事对修改章程的担忧。
在此期间，孟禄和蔡元培等人曾通过函电往来讨论此事。孟禄认为，中基会的组织管理应该相对独立于政府，不受政局变动的影响；如果擅自进行改组，不仅无法保证董事会的连续性，还会引起不必要的外交冲突。蔡元培则强调：“因为中华基金会的中方成员是曹锟委派的，所以政府对此会的改组是必要的。”
10月4日，《时事新报》发表《大学院改组教育文化基金董事会说明》，内称自国民政府明令改组中基会以后，大学院多次接到外交部来函来电，通报美国方面的反映。这些反映可以归纳为三点：一是改组董事会以及修改章程没有得到美国政府同意，违背了原来的约定；二是董事会是非政治机构，不应该受政局变化的影响；三是原章程规定董事应该自选，如今由政府委派，违背了自选原则。
对于这些意见，大学院的解释是：第一，美国退还庚款，本来是无条件的，因此这次修改章程和改组董事会不需要征求美国政府同意。第二，董事会成立时，曹锟政府曾拒绝学术教育团体推举的人选，这说明此事一开始就无法脱离政治。第三，由贿选总统任命的这个董事会，是不可能通过自选方式来完成其更新换代的；只有对它进行改组，才能走上非政治的道路。而在此之前，蔡元培为了辞职已经携带家眷离开南京，由杨杏佛代行其事。这好像证明了胡适的先见之明。
尽管大学院的解释振振有词，但是早在9月13日，胡适就收到杨杏佛以大学院名义发来的一份公函，内有“现准孟禄来电，请从缓改组中华教育文化基金董事”等语，并请胡适、蒋梦麟“将这次改组理由及补救办法”，向孟禄详细解释，以免引起误会。可见杨杏佛等人虽然表面上嘴硬，实际上已经在寻求妥协和退路了。
问题是中基会的改组不仅引起了误会，还涉及到两个重要的问题。
第一是外交和法律的问题。
按照规定程序，美国退还的第二批庚子赔款，是在中基会成立之后，由美国总统签署命令拨付的。现在中国政府对它进行改组，等于说原来的受款机构已经不复存在，即美国政府已经失去付款对象，不能继续付款了。美国是一个法制健全的国家，要想改变这种令人尴尬的状况非常困难。可见南京政府改组中基会之举，过于草率。
第二是观念和影响的问题。
按照杨杏佛等人的想法，既然国民革命已经成功，国民政府（即“国民的政府”）已经成立，那就应该对中基会进行改组，因为它毕竟是由贿选总统曹锟任命的。但是他们没有想到，越是一个好的政府，就越应该尊重学术文化教育的独立。这是现代社会的一个最基本的原则。何况政府的“好”“坏”是相对而言、不以个别人意志为转移的客观存在。因此，假如一个“好”的政府不能保护学术文化教育的独立，那就很可能为“坏”的政府破坏这种独立留下借口，甚至是开了先河。对于这个问题，孟禄教授有一句非常精辟的话。他说：“如果一个出于最善良动机的好政府可以干涉董事会的运作，那么一个带有自私动机的坏政府也可以做同样的事情。”
1928年10月，南京国民政府因改制而取消大学院，并在行政院之下设立教育部。11月下旬，胡适收到新任教育部长蒋梦麟来信，讨论中基会改组的事应该如何补救。蒋根据孟禄、任鸿隽的意见，提出由教育部召集原来的董事开会，让政府不喜欢的5人辞职，再补选5名新的董事。至于修改章程的问题，可以由新董事会讨论解决。蒋还说，等到孟禄抵达上海后，就可以开会。
12月3日，蒋梦麟电邀胡适抵达南京，并于当晚宴请胡适、蔡元培、任鸿隽、王宠惠、罗家伦、孙科等人。胡适曾对孙科说，事已至此，最好由新董事致函原董事会，情愿放弃董事资格，请原董事自由选举，这才可以减少政府干涉之嫌，又能让他们重新当选。
几天后，胡适又在信中对孙科说：也可以“由新董事向政府辞职”，然后“让旧董事会自由选补。”这两个方案的共同点是尊重董事会独立的原则，区别在于前者是让新董事“放弃”董事资格，后者则是让他们向政府“辞职”。在这封信中，胡适还用英文引述了孟禄所谓好政府、坏政府的话。
12月中旬，孟禄如期到达上海，中基会第三次常会也准备在半个月以后举行。经过一番接触和胡适的反复解释，蔡元培等人终于明白问题的严重性。与此同时，孟禄却发现一个新的问题：由于政府的命令在前，如果以教育部而不是国民政府的名义召开会议，还“不能使旧董事会有法律根据”。
这时已经是12月23日，距国民政府本年度的最后一次行政例会只剩下两天时间了。在这种情况下，胡适急忙与蒋梦麟联系，并为他起草了呈请国民政府批准开会的文件，然后让他带回南京。
直到28日傍晚，胡适从蒋梦麟来电中得知，“前案已通过国民政府”，他才如释重负。为此，胡适在当天的日记中感叹道：“其实此次所提之案即是我以前为孙哲生（孙科字哲生）拟的办法。而我的原办法比今回所通过的办法，冠冕堂皇的多了。他们一定不采用我的办法，却一定要等到一个外国人来对他们说，‘不这样办是拿不到钱的’，他们然后照办！说起来真可羞！”
1929年1月3日，中基会在杭州召开会议。胡适在当天的日记中抱怨说：“此次大家都是很难为情的。杨杏佛放了一把火，毫不费力；我们却须用全部救火队之力去救火！”胡适认为大家忍辱负重、顾全大局，不过是“给这个政府留一点面子，替一个无识的妄人圆谎”。为此他又气又恨，非常痛苦。
会议开始后，又出现两个棘手的问题：一是原定由汪精卫接替周诒春担任董事，但是有人反对汪当选，美国董事也“怕他捣乱”；二是5名旧董事的辞职表面上是自己提出，其实仍有政府胁迫之嫌，何况原来由政府任命的5人如果全部当选，也给人以做戏的感觉。
当天晚上，胡适迟迟不能入睡，他觉得“实在没有面孔留在基金会，遂决计辞职，提出任叔永为继任人。”
第二天一早，胡适拿起周诒春交给他的一个董事任期名单，仔细看罢，“忽然想到一个绝妙的解决方法”：第一，由于郭秉文到六月份就要任满，如果让汪精卫接替郭，汪的任期就没多久了。届时只要不推选汪连任，第一个问题就解决了。第二，为了避免有政府胁迫之嫌，董事会应批准他辞职，并选举任鸿隽为董事。这样一来，改选名单由5人变为6人，既可以证明缺额“由本会自选”的原则，又可以表明董事会并没有按政府的意图办事。此外胡适还认为，他主动辞职对于被迫辞职的张伯苓、周诒春等人来说，也是个安慰。
第二天一早，他将这个绝妙的方案介绍给大家，并在会上获得通过。大家本来不同意他辞职，他说：“今年六月便有缺额，你们要让我回来，可以再举我。”董事改选后，新一届董事会又选举蔡元培和蒋梦麟为正副董事长，任鸿隽为秘书兼干事长，翁文灏、赵元任为执行委员。
这一年6月，中基会在天津召开第五次年会，“全体一致票选胡适君继任汪兆铭董事之任”，至此，中基会改组风波才算平息。
会议结束后，有人给胡适寄来一份杂志，内有一篇《胡适之扫兴而回》的署名文章。文章说：胡适对“收回庚子赔款运动颇为卖力，故得历任委员，其公费闻每月有千金之巨”。最近胡适因为落选，“如青天霹历，懊丧异常，……在杭盘桓一夕，即扫兴而回。今后胡博士生活上恐将大受影响矣。”胡适看了之后哈哈大笑，随即给杂志主编回复一信，信中解释了他们“不支俸给，也不支公费，只有到会时可支旅费”的事实，指出了文章中的其他错误，还表示他辞去董事以后，心情非常高兴。