判军的水师虽多，这次出动了一万大军三多百条战船，但被朱由崧御营的这一顿红衣大炮轰得七零八落，全乱套了，判军的水师统领徐勇一看不好，赶紧传令撤退。
但是此时他已经指挥不灵了，朱由崧的人马很快杀到附近。
这时朱由崧将岸上的事暂时交由袁继咸、何腾蛟和堵胤锡负责，身披重甲的朱由崧登上了最大的一条指挥船，在后面亲自督师。卸营统领刘肇基和郑大木按剑扶刀，紧紧立在他左右，这条大船上有二百御营兵，全是火铳手，另外还有三百名水师，包括一百名弓箭手，船头上装着一门佛郎机，两侧船玄上各装有一门虎蹲炮。这在当时武器装备称得上一流的军舰了。
在朱由崧前面共有六只水师小队，每只小队有水师七八百人，分别由贺兆雄、郑彩、郑鸿逵、贺宣娇、李全、柳春红等六将负责具体指挥，这六员战将除了一半来自绿柳山庄，一半来福建郑家军的海盗，水里的本事个比一个牛逼，六只小队像六把尖刀直插向判军的阵营。
朱由崧这五千水师的大船上也装有火器，虽然船头上的佛郎机和虎蹲炮不及红衣大炮射程远，但到了射程范围，一齐向判军开火威力也相当大，这种在红衣大炮之后，数门佛郎机和虎蹲炮接连开火。
惊天动地的炮声此起彼伏，江中到处是冲天的水柱和倾翻的战船，还伴随着滚滚的浓烟和火光。
小船相对于大船来说，速度快，灵活度高，因此很快小船的弓箭也冲到了射程范围，几十条小船一字排开阵势，每只船上有十名弓箭手，一声令下，几百名弓箭手万齐放箭，天空中数不清的箭雨呼啸着罩向混乱的判军。
一时间判军中箭落水者不计其数，判军人数虽多，但现在全乱套了，先挨炮后挨箭，根本无有反手之力，这时朱由崧的六支水师小队便冲进判军的水师阵营。
“杀！杀！杀！”
贺兆雄、贺宣娇、柳春红、郑鸿逵、郑彩、李全等身先士卒，跳上判军的战船，各举刀枪杀向判军，这下朝廷的人马彻底占了上风，只杀得江中到处都是死尸，把江水都染红了。
判军被杀得大败，徐勇一看指挥不灵了，也顾不得追杀祖克勇等人了，他连自己的兵将也不要了，仅带着大小二十几只战船，在他们的掩护下狼狈而逃。
祖克勇等人得救了，他们加入贺兆雄的队伍一起追杀判军。
但很快朱由崧的旨意下达了，停止追杀，立即收兵回营。
郑彩和李全不解来问朱由崧：“陛下，为什么不追了，一鼓作气，端了贼人的水师大营岂不更好？”
朱由崧道：“朕这次率水师只是为营救祖将军等人，而不是过江作战，知己知彼才能百战不殆，现在我们对贼人那边的情况不甚了解，而且再往前追，就进入贼人的火炮射程范围了。人现在已经救回来了，还打了个大胜仗，暂且收兵吧。”
这下众将皆佩服朱由崧锐敏的观察力和果断英明的决策。在胜利面前，还能有保持清醒的头脑，非常人所能及也。
这时，祖克勇、罗岱和道兴带着一二百人上了朱由崧船，感激涕零，全都跪在船板上向朱由崧乞罪，“陛下，臣罪投降来迟，罪该万死，请陛下治罪。”
朱由崧哈哈大笑，“朕就知道你祖克勇会回来的，迟是迟了点，不过迷途知返，善莫大焉，还带来这么多识时务的兵将，弃暗投明，功过就抵了吧，朕全都恕尔等无罪，都起来吧，从今天开始，你们还是朕的好儿郎！”
都说朱由崧宽仁无敌，今天这些人算领教了，以他们所犯之罪轻则杀头，重则灭门，现在朱由崧一句话全都赦免无罪，而且，他们这条命还是朱由崧救的，若非朱由崧率水师及时出手，他们这些人一个也活不了，不是葬身江底，就是被抓回去，那样会死得更惨，一时间都觉得朱由崧是菩萨帝王，要知道这样，早就来归顺朝廷了。
以祖克勇、罗岱、道兴为首，这一二百人跪在甲板上给朱由崧磕响头，有的额头上磕出了包，有的额头磕破了鲜血直流，但也不知道痛了，他们用这种方式忏悔并宣誓忠心。
这时贺兆雄则带水师开始打扫战场，虽然收兵了，但水里的战场也须收拾一下，落水的须得救上来，朱由崧传旨，江中有活气的不管是敌是我一律救上来，受伤的亦是如此，不分敌我全部救治，朱由崧的这些政策很多将士都知道，开始时都不解，但这些人被救过来之后，敌人全部变成了陛下的死忠，因此都很服气朱由崧的这一招。
这一战不足一个时辰便结束了战斗，判军一万水师仅跑回去三千多人，有一千多人成了朱由崧的俘虏，还一百多条战船都成了战利品，
这些船有些完好无损，有些损毁轻的弄回去后修缮一下便可使用。那些炸毁的、被烧毁的、翻入江中的，等等，这些损毁严重的船是没办法了。
他们指挥把俘虏集中在几条大船上，带着战利品回了江对岸。