等罗远斌发出的消息传到南京的时候，南京政府刚刚正式宣布了商毅将要称帝的消息，举行大典的时间就定在十月十八曰, 离现在大约还有两个多月。因此大西军向中华军投降、将云南全境都移交给中华军的消息，也正好为宣布商毅称帝的消息送上了一份贺礼。
不过大西军的归降，和云南的和平收复，也确时居有很重大的意义，这就意味着中国西南二省贵州、云南都己经正式纳入了南京政府的版图内。
这个时代的贵州、云南二省的地域和后世相比，在大体上差不多，只是一些细节地方略有一些不同，总面积大约有六十万平方公里左右。在万历年间，统计户籍人口是：贵州省四万三千四百五十户，二十九万九百七十二口，云南省一十三万五千五百六十户，一百四十七万六千六百九十二口。
不过这些数字的准确性并不高，因为这时云贵二省两省都是少数民族比较集中的地区，明朝在这两个省设立了相当多的宣慰司、宣抚司、安抚司、长官司等地方行政机构，相当于少数民族自治区一样，因此人口户籍的统计，有相当大的漏洞，否则以云南者一百四十多万的人口基数，根本供应不起十万以上的军队。
但不管怎么说，收复了云贵两省，也使南京政府的版图再度扩大，整个西南地区，也是整个南方地区，只剩下一个四川了。
商毅首先下令內阁，立刻着手向云贵两省派遣官员，建立地方行政机构，并且着重强调，云贵两省的少数民族众多，因此派出二省的地方官员们一定要注意处理好与民族关系，尊重各少数民族的风俗传统，不得歧视，更不许侍强凌弱。
其实汉族总体来说，是一个包容很强的民族，对于大部份的少数民族，都能够接纳并且与之很好的相处，许多少数民族己经完全和汉族溶合了。
而且中国的各朝各代也都比较重视处理和少数民族之间的关系，因此到于这个时候，绝大部份的少数民族和汉族总体来说还是十分友好，和平相处，当然也会出现明朝的地方官员和少数民族中的头人、酋长相互勾接，欺圧少数民族平民的事情，另外也有一少部份少数民族的野心者、顽固份子或极端民族主义者借这些事情搬弄事非，挑拔少数民族与汉族不和，甚致聚众反叛，自立为王等等。
因此商毅也制定了三条处理民族关条的原则：努力的团结少数民族中的亲汉份子，尽可能的争取少数民族中的中间派；但对少数顽固份子，决不能手软，坚决消灭，以儆效尤。同时江西军区暂时也就驻扎在云贵两省，帮助地方官员尽快稳定两省的局面，恢复社会秩序和农业生产。
而这时在四川地区，前线的指挥官段鹏和李牟联名将南京政府的决议，派人转交给了吴三桂。对于吴三桂提出投降的条件，南京政府的答复是：吴三桂必须接受无条件投降，南京政府除了可以保证吴三桂的生命安全之外，其他一切的条件都不能答应，只能等吴三桂投降之后，听候南京政府的处理，并令吴三桂限期答复。
接到了这一份决议，吴三桂又悔又恨，后悔自己当初怎么就利令智昏，拒绝了南京政府提出的优厚条件，弄得现在走投无路，只能坐以待毙；而又恨商毅太不讲道理了，完全是逞强压弱，仗着中华军的兵势强大，连一条退路都不给自已留，硬是逼自已无条件投降，将生死全部都拱手交给他人，这也太欺负人了吧。
不过吴三桂心里十分清楚，自己对南京政府的怨恨是没有道理的，毕竟是自己拒绝在先，而南京政府这一次显然是准备要拿自己开刀，警告现存的其他势力，南京政府不会给任何人第二次机会，如果再拒绝南京政府开出的条件，先要想一想是否有能力承担拒绝的后果。
但吴三桂也陷入了十分为难的境地中，打肯定是打不过中华军的，但如果无条件投降，自己将全无反抗之力，几个狱吏就可以要了自己的命。虽然说南京政府也保证吴三桂的生命安全，但吴三桂并不敢相信这种保证。而且就算保住了自己这一条命，在商毅建立的新朝中成为一介平民，两手空空，就这么庸庸碌碌的渡过这一生，吴三桂也有些不甘心。
因此吴三桂足足想了一夜，最后连头发都己经花白了，终于下定决心，如果要自己平平凡凡的过这一生，到不如轰轰烈烈的大战一场，宁死不降。
于是吴三桂立刻招集夏国相、马宝等一干自已的心腹大将，首先将南京政府的决议交给他们观看，然后向他们表明，这样投降了南京政府，自巳决不甘心，因此决定死守成都，和中华军决一死战，如果运气好，中华军对成都久攻难下，或许还能以一定的条件投降；不过这种结果的可能性不大，而更大的可能是，中华军攻破成都，自己与城共存亡。不过吴三桂对众将则表示去留尊便，并不强求。
这几员将领都是在吴三桂驻守山海关的时候，就己经追随吴三桂的关宁军旧部，因为关宁军本来就是一支依靠同乡亲属关糸建立起来的军队，因此这些将领大多都可吴三桂有一点沾亲带故。现在见吴三桂一付穷途末路的样孑，心中多少也都有些不忍，另外也觉得南京政府的决议实在太过份了，另外对吴三桂是如此，那么对川军的众将当然也好不到那里去，于是又都生出了同仇敌忾之气，既然中华军仗着自己的兵势强大压人，那么自己也不甘这么束手就擒，就和中华军拼一场，大不了就是一死呗。
因此众将也都表示，愿意随吴三桂一起，和中华军决一死战，就算不敌中华军，也要轰轰烈烈的战死，绝不窝窝囊囊的投降。
吴三桂听了之后，心里也稍稍有了一些安慰，因此也不觉精神一振，马上开始布置起来。
甴于前一阶段川军主动放弃了重庆府、夔州府周边的地区，现在吴三桂还拥有以成都府为核心，周边的潼川州、嘉定州、眉州、邛州、雅州、黎州安抚司等地。人马约有近十万，其中当初随吴三桂一起降清的旧部关宁军约还有六千余人。
吴三桂当然也知道，以川军现在的兵力，根本无可以与中华军相抗衡，如果是对上别的军队，获许还可以采取据城而守，以险为障的方法，死守各地险要关口城隘，层层抵抗，但这一招对中华军并不好使，因为中华军的火器实在太过厉害，已经打破了这个时代的战术规则，死守城池是死路一条。
因此吴三桂采用的战术是，对其他关隘路口一率放弃，集中自己的大部份力量，守卫成都。而派出数十支小股部队，三五百人为一组，分散到成都府周边的地区，或分或合，袭击中华军的后勤、补给线，小股军队，以及在其他中华军占领的地区内进行破坏活动。让中华军首尾难顾，顾此失彼。而各支派出的小股部队，匀无补济，一切都由自己自行解决，说白了就是去抢老百姓的。
由于前一阶段中华军在四川的军事行动十分顺利，因此中华军这时多少也有些大意。在给吴三桂规定的答复限时过了之后，段鹏和李牟合兵，分南北两路，向成都府发动了全面的进攻，而且两路人马都十分顺利的进入了成都府地区，逼近成都。
而中华军的上上下下都乐观十足，包括段鹏和李牟都认为攻下成都，也就是几天的时间，成都一破，四川也就大体安定，南方的战争也就基本结束了。
但就在这时，两人连续收到消息，中华军有多支运粮队都遭到了川军的袭击，还有一个前线的临时仓库被川军偷袭得手，仓库里面的粮食物资全部被焚烧一空。
两人收到消息之后，还没有太重视，认为这只不过是川军的正常反击手段，袭击补给线，是任合军队都会使用的办法，因此也下令加强运粮队和各补给点的保护兵力，这样也就可以解决了。
那知在随后的几天时间里，川军在中华军的腹地里的袭击活动也愈演愈烈，中华军对运粮队和补给点加强了防守，川军的偷袭并没有取得太大的战果，但袭击队伍把目标放在了小县城和中华军的小股部队上。
因此有两座县城被川军偷袭攻破，中华军临时指定的知县和行政人员都被川军杀死，尸体被挂在城墙上示众。另外超过二十个的村庄遭到了川军的洗劫，人数伤亡达到三千余人，还有五六个中华军的小队遇到袭击，军队的人员伤亡超过了五十。
而这个时候段鹏和李牟才意识到情况有些不对，因此也开始重视起来，派出部队去围剿这些川军的袭击队伍，但一连十余天，取得的成果并不大，仅仅只歼灭了一支川军的小队，而中华军自身的伤亡，也超过了一百人。