在天京事变以后，太平天国内部打算开始了整顿。已经说白了不打算开始重用石达开了。因为洪秀全对于这个翼王的意见在每天都会增加，所以索性就不重用他了。随后洪秀全下令：“封李秀成、陈玉成两位将军开始新一轮的反清斗争，打开一个较为圆满的战争局面。”然而我们也知道太平军不会束手就擒，我们打算以先打后招的政策，打算将太平军所部分割开来，全部歼灭之。所以在年初之时，清军重建江北和江南两个大营，准备开始了围攻太平军。
会后，陈玉成率部首先攻占庐州，后南下会李秀成部，于9月27日攻破位于浦口的江北大营。此时，湘军自湖北两路东犯，南围安庆，北攻庐州。湘军悍将李续宾率5000之众于11月3日进抵庐州南面的三河镇，陈玉成得报，约李秀成等部先后赴援，在三河外围全歼李续宾部，并乘势收复舒城、桐城等地，迫使进围安庆的湘军撤回湖北。
江南大营再次合围天京。忠王李秀成与干王洪仁玕商定采取“围魏救赵”之策，解救京围。2月10日，李秀成率2万余人经皖南入浙，攻占杭州，诱使江南大营分军往救。俟清军援兵抵杭，即弃城昼夜兼程北返。4月下旬，各路太平军进抵天京外围。5月2日，再破江南大营。旋乘胜东征，连占句容、丹阳、常州，6月2日占领苏州。接着进军上海，因内应被破坏，又遭英法侵略军阻击，未能得手。正当太平军进攻上海之际，清两江总督曾国藩、湖北巡抚胡林翼督率湘军水陆师5万余人东下进围安庆。9月，洪秀全调集大军，西上救援。陈玉成率军走江北，李秀成率军走江南，约定次年4月“合取”湖北，迫使湘军回救，以解安庆之围。
3月，陈玉成占领湖北黄州，由于受到了阻挠，停攻武汉，4月下旬返回安徽。李秀成部迟至6月才抵武昌外围，得知陈玉成部先回安徽，也东返浙江。“合取湖北”计划彻底落空。此后，洪秀全增调兵力，三次强攻围困安庆之敌，均为湘军所败。9月5日，安庆被湘军攻陷。陈玉成坐守庐州，束手无策。
派扶王陈得才、遵王赖文光等赴河南、陕西招兵，皖北兵力更加单薄。李秀成率部再次进军上海，因与清军抵抗，未能得手.4月至5月间，署江苏巡抚李鸿章率淮军6500人自安庆分抵上海，东线军事形势日渐严峻。5月，荆州将军多隆阿率清军来攻，陈玉成弃城走寿州，为团练头子苗沛霖诱擒，解送清营遇害。天京西部防线瓦解，东南方面却有所发展，太平军于年底攻占杭州及浙江大部地区。
3月下旬，湘军水陆师2万余人从安庆沿江东下，5月底直抵天京城郊。洪秀全急令在上海前线督战的李秀成火速回援。9月，李秀成等“十三王”统率10余万人自苏州等地回救，急攻40余日，未能取胜。
不久，洪秀全又责令李秀成率部“进北救南”，企图取道江北西入湖北，迫使围城湘军回救。李秀成部在西进途中遭湘军节节阻击，进至安徽六安被迫折返，途中又遭湘军拦截，与此同时，李鸿章淮军在朝廷的支持下，由上海西进，于12月攻陷苏州、无锡，兵锋直逼常州。浙江巡抚左宗棠率部自江西攻浙江，于3月攻陷杭州，并基本占领浙江全省。曾国荃部湘军则逐一攻占天京城外要点，对天京形成合围。苏州陷落后，李秀成自前线返回天京，建议“让城别走”，遭洪秀全拒绝，乃布置死守。损失精锐数万。
这个时候清军基本上大局已定，剿灭了太平军大部分主力，剩下的残兵游勇我们也是该招的招，不该招的就直接杀掉，还有一些人放回原籍。对于他们所做之事，我就全部不予追究，希望他们可以好好的为建设一个伟大的国家而尽自己的一份微薄之力。曾国藩与自己的胞弟曾国荃商量：“国荃啊！你说圣上封你哥我为钦差大臣的意思是，让吾去劝降洪秀全之流，不知是这话不是。”曾国荃点了点头说：“哥哥，圣上既然让你去招降洪秀全，那你就去。晓之以情，动之以理。必能让他感受到自己所做之孽事，臣弟听闻他仅仅不过一个乡村秀才，倘若他降于大清，我们封他做一名进士，让他自己去别的地方当官，让他自己干出一番事业。”曾国藩一听，拍案叫好说：“国荃，汝说的话自是为兄的心里话，倘若为兄遭遇不测，你得好好的照顾父母，赡养后代。”曾国荃一听，涕泗横流。说道：“哥，你放心得去，我会的。”随后，曾国藩只身一人前往江宁城中谈判去了。
曾国藩他自己来到了这所六朝古都中，看着周围荒凉破败的环境，以及尸横遍野的街道上，曾国藩十分不忍心。但他知道，打仗苦的仍是百姓，所以他决心打算去劝降洪秀全，不要让百姓在受战乱之苦。进入到江宁城中，也是军备衰落、残垣断壁的现象，当太平军的残余看到了曾国藩自己一个人缓缓的走向江宁府，登时起了警戒心，拔出刀来打算杀了曾国藩，为弟兄们报仇。曾国藩也是怀着深深地歉意，来到了江宁府中，与洪秀全碰面。洪秀全看着这位大约四十余岁的中年人，身着钦差大臣装服，头戴顶戴花翎。唯独不带武器的曾国藩不卑不亢的站在了洪秀全眼前。
洪秀全先开口道：“怎么，清廷这是打算把我们赶尽杀绝，还是要把洪某给带去千刀万剐了。”曾国藩摇了摇头，坐了下来说：“洪秀全阁下，鄙人深知你对大清国有所仇恨，我们也知晓了你的暴怒和不满。为此圣上在你们起事后的几年内，根本没有说要把你们赶尽杀绝，全部是我中华子民的一部分，不会把你们怎么样的。”洪秀全嗤笑了一下：“哼！要是如此我还会有如今之成果，死的死败的败，根本毫无希望可言，加上你们清国本就是外来之蛮夷，为何还要在我汉家江山内称王称霸。”曾国藩捎带着怒气了：“阁下，请注意你的措辞，为何说我大清是外来之蛮夷？虽说我大清从太祖时期是在关外的建州女真，但是从太宗之时起，我们改号为“清”，进入关内，我等承明制，怎么会是蛮夷之称。”
曾国藩说：“称王称霸？坚决不可能，虽说我们大清国自称为大清帝国，但实际上称王称霸这是无稽之谈，我大清自从嘉庆年后，就再也不会去称王称霸了，也没这个实力了，只要保住了我们在亚洲的地位也就可以了，未能远图。但在我大清实力允许之时，必将远图，把所有夷人统统消灭干净使万国来朝。”洪秀全说：“那是妄想，你们绝对不可能，我也知道你来的目的，不就是招降我们吗？不可能的事。”曾国藩说：“鄙人素知洪秀全阁下是一位乡村秀才，本着“学而优则仕”的想法，屡次不第，则对朝廷有怨言。鄙人也是小时对着科举有着别样的感觉，也是本着“学而优则仕”的想法，考科举不第接着考，最后只好捐了个官当当，比你还要惨烈。”洪秀全一听，这不正是自己的以前吗？他顿时感觉找到了知音，曾国藩看了下洪秀全的表情，就知道有希望了。
随后，曾国藩再接再厉，说道：“当时你等起兵之时，我大清周围强敌环伺，都在伺机想着进攻我大清，把你们煽动起来，砸乱和搅浑我大清国第一个五年计划的所有设施，使我大清国家经济衰退，工业停滞，他们再在联合俄国对我中华之领土进行打击，还有对我西藏领域和东南沿海地区贩卖鸦片，毒害我大清国民和百姓。所以，我圣上为了不希望国家内部进行分裂，所以采取了绥靖之策，打算让你等闹个够，在进入大清国中，还是大清国子民的一部分，不会把你们怎么样。”洪秀全这才明白过来，为什么在前几年的进攻如此顺利，原来还有这一层思考，他也是因为对政府的怨气所发生的起义，其实也是对旱灾的一个反对，紧接着太平天国开始了反击外国侵略的势力，保证了我国的领土主权完整，所以我们还是很感谢他们的。
曾国藩说：“听闻阁下想要当官，鄙人奉圣上之命，封你为广西巡抚加封广西全权代理大臣，剩余太平军全部编入清军体系，不会对他们以及家人下毒手，谁要这么干，株连九族。”洪秀全这才回心转意，缓缓下跪，脸上带泪说道：“我这才知道我干了一件傻事，还值得朝廷的认可，秀全真的无颜以对当今圣上。”说罢，叩首就拜。曾国藩笑笑说：“只要秀全兄弟改头换面，把广西治理好，这也就是圆了你的梦想了，还有禁止外人向广西居民传播异教，使得广西起义不断。”洪秀全说：“是是，臣一定把广西治理好，以谢曾国藩大臣，和当今圣上的栽培。”
洪秀全招完以后，就剩下了在四川的石达开了。