波波维奇上任的第一件事就是要找到接替约翰·卢卡斯的主帅，起初他把目标定在了勇士主帅老尼尔森身上。但勇士老板拒绝放人，这次主帅邀请未能成功。
鲍勃·希尔担任过步行者和尼克斯的主帅，当时处于黑白双煞、坏小子军团和乔丹三连冠时期，未能有任何成绩，临时救火，成了波波维奇治下的首位主帅。鲍勃·希尔的首个带队赛季战绩还不错，马刺在1994-95赛季打出62胜20负战绩，刷新队史胜场记录。
大卫·罗宾逊当选为常规赛MVP并入选最佳防守阵容一阵，不过那个赛季的季后赛，大梦奥拉朱旺发威，让上将直接沦为了软蛋。赛季结束以后，波波维奇送出丹尼斯·罗德曼，从公牛得到了中锋威尔·普度。
1995-96赛季，马刺常规赛战绩为59胜23负，西部半决赛，马刺六场不敌犹他爵士，止步次轮。
1996-97赛季，马刺遭遇重大伤病潮，开局战绩不佳，带队打出3胜15负的鲍勃·希尔下课，波波维奇成为了球队主帅。那个赛季大卫·罗宾逊仅出战6场，马刺常规赛战绩为20胜62负，如愿在夏天拿到状元签。
马刺用这枚状元签，摘到了维克森林大学的蒂姆·邓肯。
传闻称，红衣主教奥尔巴赫曾寻求交易到邓肯，筹码随便波波维奇挑选，不过被直接拒绝。奥尔巴赫随后不再过问凯尔特人事，退到了二线。
1997-98赛季，大卫·罗宾逊复出和邓肯组成了实力强劲的双塔组合，马刺队从上个赛季的20胜直接提升到56胜，邓肯无悬念的拿到年度最佳新秀。第二轮季后赛，邓肯在第二场时扭伤脚踝，马刺1-4被犹他爵士淘汰。
这个赛季结束后，如日中天、两次三连冠封神的迈克尔·乔丹第二次退役。
1998-99赛季，NBA因劳资纠纷出现停摆，常规赛由82场缩水到了50场。马刺开局只打出6胜8负的战绩，主教练波波维奇受到质疑，不过邓肯和大卫·罗宾逊都站出来力挺主帅，随后的比赛中，马刺打出31胜5负的战绩。
马刺季后赛的状态神勇无比，首轮3-1战胜加内特的森林狼，次轮横扫湖人，西决横扫开拓者，总决赛4-1战胜尼克斯，收获队史首个总冠军。
邓肯总决赛打出超强统治力，以场均27.4分14篮板2.2次封盖的数据当选总决赛MVP。
马刺拥有次轮47顺位选秀权，选到了在意大利打球的马努·吉诺比利，不过吉诺比利直到02年才正式登陆NBA。
1999-00赛季，马刺打出53胜29负战绩，不过邓肯半月板撕裂无缘季后赛，首轮便被太阳淘汰。
2000-01赛季，马刺拿到58胜24负的成绩，首轮淘汰森林狼，次轮淘汰小牛。西部决赛中，惨遭湖人横扫。
选秀大会中，马刺拿到首轮第二十八顺位，选中了19岁的法国控卫托尼·帕克。
2001-02赛季，马刺同样打出58胜24负战绩，邓肯获得首个常规赛MVP，不过球队西部半决赛便遇到湖人，再度被淘汰出局。
2002年下半年，马刺将主场搬迁到ATT中心。由于这座场馆每年二月份左右会举办圣安东尼奥牛仔竞技大会，马刺每年一月末到二月之间都会有一次连续客场之旅，俗称牛仔客场之旅，也叫牛仔之旅。
牛仔之旅期间，马刺队球员会在长达一个月的时间中奔波于各个客场打比赛，基本不能回家。但球员认为这次旅程是建立默契的好时机，对此倒并不反感。不过受牛仔竞技大会影响，马刺无法举办全明星赛，只要这个比赛不取消，全明星基本不可能来到圣安东尼奥。
GDP时代，牛仔之旅的战绩还算不错。（本书没有牛仔之旅。）
2002-03赛季，马刺更新嘉年华色彩队标，回归原始的银、黑图形，以纪念大卫·罗宾逊的最后一个赛季。当赛季马刺打出60胜22负的战绩，这是波波维奇首次带队打出60胜，同时首次获得了最佳教练奖。
季后赛中，马刺接连淘汰菲尼克斯太阳、苦主洛杉矶湖人以及达拉斯小牛，时隔三个赛季再度杀回总决赛。总决赛中，马刺和基德率领的篮网大战六场，最终斩获队史第二座总冠军奖杯。
邓肯总决赛场均打出24.2分17篮板5.3助攻5.33次封盖的数据，成功包揽当赛季常规赛和总决赛MVP双料荣誉。
2003-04赛季，大卫·罗宾逊退役，邓肯单核带队的马刺一波三折，但依然排名西部前列。季后赛首轮，马刺横扫灰熊。
西部半决赛，马刺和科比、奥尼尔、加里·佩顿、卡尔·马龙带领的湖人相遇，先胜两场，随后被湖人连扳四场，止步次轮。那轮系列赛的第五场，费舍尔完成了0.4秒绝杀。
2004-05赛季，马刺打出59胜23负的战绩，以西部第二的排名进入季后赛。季后赛首轮，马刺4-1淘汰丹佛掘金，次轮4-2击败西雅图超音速，西决4-1战胜菲尼克斯太阳，再度杀进总决赛。
卫冕冠军活塞东决淘汰有着奥尼尔加盟的热火，与圣安东尼奥马刺会师总决赛。双方联手贡献了让NBA总决赛收视大幅下滑的防守大战，鏖战七场，由邓肯带领的马刺拿到胜利。
总决赛均分不高的情况下，邓肯场均拿到20.6分14.1篮板2.1次盖帽，第三次收获总决赛MVP。这赛季的邓肯可以被列入单核带队的讨论范围，至于是不是，依然不作定论。
2005-06赛季，马刺得到了迈克尔·芬利和尼克·范艾克赛尔，常规赛打出刷新队史记录的63胜19负。季后赛首轮，马刺4-2淘汰国王。
西部半决赛，马刺对阵达拉斯小牛。这次的比赛跌宕起伏，马刺在抢七时曾落后20分之多，不过终场前将分差抹平，随后邓肯吸引包夹，分球吉诺比利三分命中。
暂停阶段，小将军约翰逊让上一场投丢关键球的诺维茨基忘掉此前的投篮，完成一次扳平得分。
转播镜头对准了贾森·特里，但马刺的防守重心放在了诺维茨基身上，防守悍将布鲁斯·鲍文贴防诺维茨基，不让其投三分。
诺维茨基没有投三分，突破贴防的鲍文，杀进禁区上篮。
吉诺比利协防打手，将自己投出的三分优势，亲自葬送。
诺维茨基稳定完成2+1，将比分扳平。
比赛剩下21秒，吉诺比利面对包夹突破，上篮未能命中，邓肯的补篮也没命中，比赛进入加时。
小将军约翰逊在加时派出奇兵迪奥普，这位并不起眼的球员让邓肯异常难受，加时赛中，邓肯7投仅1中还吃到了一次大帽。马刺最终不敌小牛，结束了这轮最经典的牛马大战。
当年总决赛，不谈场外因素，小牛先胜两场随后被热火逆转，错失队史首座总冠军奖杯。