宇智波鼬在灭族之后没法再继续留在木叶村，在他离开之前，见了志村团藏。
他告诉团藏如果弟弟佐助出事，就会把自己所知的所有情报卖给其他国家，他在暗部任职多年，知道许多村中的隐秘，这其中自然有关于“根”的，无论三代目火影还是志村团藏都不希望这些情报被泄露，这种威慑对于两人来说无疑是极具威胁力的。
但鼬并没有就此作罢，在这之后他又见了猿飞日斩，他支开了所有潜伏在三代目左右的暗部，对日斩说出了“面具男”的存在，说自己要加入晓组织，防止面具男对木叶动手。
实际上，宇智波鼬并不知道“面具男”的身份就是宇智波带土，他和其他人一样，将面具男当成了宇智波斑。
“面具男”的存在确实让猿飞日斩动容了！
宇智波一族虽然没有太强的忍者，却也有着族长宇智波富岳和诸多上忍级别的强者，在短短的时间被彻底剿灭，显然不鼬是一人之力能够完成的。
根据鼬的描述，宇智波带土所扮演的“面具男”阿飞，实力竟然比鼬还要强大许多，如果他和鼬联手对于木叶村来说无疑是一个巨大的威胁。
因此，猿飞日斩答应了保护宇智波佐助，鼬这才放心的离开了木叶村加入了晓，开始了他的叛忍生涯。
老谋深的猿飞日斩对外以不知情为由，将宇智波灭族的责任完全推给志村团藏，并在这之后下令解除团藏“火影辅佐”的职务，让他将“根”彻底解散，直到这时，团藏和猿飞日斩才彻底的决裂。
团藏原本以为三代目还会像过去一样，只是口头上的“严惩不贷”，可却没想到日斩竟要借此机会也把“根”整个从木叶彻底拔出！
这个从猿飞日斩继位火影后便建立的神秘组织终于让日斩感觉到了危险，所以他要借此机会让它消失。
这种卸磨杀驴的做法让团藏对三代目恨的咬牙切齿，但对方毕竟是最最强大忍村的影，如今几乎整个忍村的权力都集中在他一人身上，要是被激怒会想尽一切办法让他像宇智波一族一样落得个身败名裂的下场。
因此，团藏最终隐忍了下来，以告老还乡的名义过期了离群索居的生活，但他并没有忘记仇恨，依旧躲在木叶的阴影之下，思考如何报复猿飞日斩。
当然，对于猿飞日斩不断集权的做法，像团藏一样敢怒不敢言的人可不只有他一个。
作为木叶高级顾问的转寝小春和水户门炎曾经和团藏一样，是二代目火影的精锐护卫部队成员，他们并没老到不能出手，在九尾事件的时候，两人还和其他人一同为村子奋战过。
自那之后，两人还因为全力保护村子和在木叶的老资历成为了高级顾问，在这个职位上，他们要更加懂得权术的运用和掌权者的心，加上同日斩共事了几十年，他们比其他人更加了解三代目火影。
大蛇丸袭击木叶时，对忍村造成的破坏丝毫不亚于九尾事件，而转寝小春和水户门炎却像人间蒸发了一样，从头到尾都没出现，要知道两人都具备和猿飞日斩一样的实力，如果真的出手，大蛇丸就不会有任何可趁之机。
在猿飞日斩不断将权力揽到自己身上的时候，自然会触碰到两位高级顾问在村中的权威，他们变得可有可无，不再那么重要，这也让日斩间接的失去了两人的拥护，不过此时的他并不在乎。
木叶在他的带领下进入了最繁华鼎盛的时期，日斩把“火影山”上自己的雕像放的比初代和二代目的还高，雕刻的还要雄伟，仿佛俯瞰着整个村子。
日斩让儿子猿飞阿斯玛早年的时候加入了火之国的守护十二士，负责保护大名，为他事先铺好了路，实际上阿斯玛早就成了六代目火影的不二人选。
在这繁荣的景象之下猿飞日斩开始飘飘然了。
他认为猿飞一族在木叶的地位在不久的将来将会和过去的千手一族一样，自己在族中、木叶村内，甚至整个忍界会成为千手扉间一样的存在。
他将成为新的“忍者之神”把旧神推下神坛，引领木叶进入一个全新的时代！
曾经一同作战的伙伴在权力的染缸中全部变了颜色，在那条没有归路的旅途中渐行渐远，远到回头的时候才发现这条路上只剩下了自己一人····
没过多久，志村团藏就联系上了同样对日斩深恶痛绝的大蛇丸，对方和自己一样，在被猿飞日斩利用后一脚踹开，两人同仇敌忾，暗中谋划着一场动乱。
团藏明言动乱之时，自己不能亲自出面，他把一些名义上被遣散的“根”调派给大蛇丸差遣，并在资金上给了他很大的支持，帮他招募了大批忍者加入音隐村，这些忍者在大蛇丸和猿飞日斩交手时，起到了拖延木叶其他高级忍者的作用，为他争取了很多时间。
在猿飞日斩死后，虽然被具有千手一族血脉的纲手取缔了火影的位置，可团藏暗中密会了一次木叶的两大顾问，没有人知道三人这次会面都做了什么，但在这之后，转寝小春和水户门炎却一反常态，一同支持恢复“根”组织的重建。
若干年后，在得知团藏身亡的消息，转寝小春对水户门炎感叹道：“当年日斩在明、团藏在暗，他们俩共同构建了木叶全盛的时期，现如今就只剩下我们俩了。”
两人的对话实际上也间接的承认了团藏对木叶村的功绩，以及猿飞日斩对其行为的默许。
此时此刻林小竹的眼前正站着这位木叶深处的“根”。
“那里是忍者学校第一间建成的教室，建到一半的时候我还很小，在那里捉过迷藏，当时有一面墙倒掉了，还是那个家伙在上面帮我挡着·····”
说到这里，团藏的独眼似乎模糊了。