以称霸对战开拓区为目标持续旅行的小智一行人距离紫苑镇已经很近了现在正在一片森林中休息。
小遥在擦试之前代美一家送的精灵蛋并说道:“不知道会孵化出什么样的神奇宝贝？”
小智道:“是会孵出来伊布。”
小遥道:“伊布啊，是非常可爱的神奇宝贝在华丽大赛一定会取得好成绩的。”
小胜拿着神奇宝贝领航员道:“附近有个钓场，我们可以去钓鱼，休息一下。”
小刚道:“可以去钓鱼转化一下心情。”
一行人高高兴兴地来到钓场结果发现这里非常的冷清。
小刚道:“去租船小屋看一下情况吧。
小智波导弹打出并说道:“水里有东西而且还是对我们有敌意。”
一只铁螯龙虾跳出水面，小智又是一道波导弹把它打回湖里去了。
这个时候一个小姐跑过来说道:“铁螯龙虾又出现了。”
“这位美丽的小姐，请问芳名？”
基拉祈用超能力把小刚扔到一边去了
“我的名字叫朝雾，这里在一年前还是钓鱼圣地甚至被人说连哈克龙都会居住，但有一天泪桥产业的人过来了想破坏这座湖制作成休闲乐园还想让我们搬走，拒绝了之后一条铁螯龙虾就出现了给我们带来很大的困难。”
小智道:“那只铁螯龙虾肯定是泪桥产业的神奇宝贝，不然实在是太巧合了。”
小刚道:“既然如此先把铁螯龙虾赶走。”
小智道:“这个简单，铁螯龙虾就决定是你了，我的这只可比刚才那个强多了。”
绯芽老奶奶说道:“好久没来客人了，那就拜托你们去对付那铁螯龙虾了。”
朝雾道:“这位是我的祖母绯芽老奶奶。”
小智用波导之力找到了铁螯龙虾，泪桥产业的人也在旁边。
朝雾道:“可恶的泪桥产业。”
泪桥产业的光头白胡子社长对乔装打扮的火箭队三人组说道:“休闲乐园的设计图想好了没有？”
武藏道:“我们大师是天才，必须有灵光乍现的那一刻才行。”
喵喵继续忽悠道:“必须为他准备美食才行。”
“可他到刚才就一直吃个不停。”
这个光头白胡子社长还想去拆了租船小屋，朝雾小姐上前当场跟他反驳
“你们别做梦了。”
光头白胡子社长恼羞成怒，指挥手下放出几只阿柏怪冲向朝雾。
“皮卡丘，十万伏特！”
皮卡丘跃到空中，强大的电流瞬间击散了阿柏怪群。
“哼！小子，多管闲事！”
“你们这种破坏环境、欺负人的行为才是不对的。”小智严肃回应。
铁螯龙虾趁乱攻击，小智的铁螯龙虾冲上去与之搏斗起来。几招过后，小智的铁螯龙虾占据上风，将对方的铁螯龙虾打败。
看到自己的铁螯龙虾失败，社长气急败坏地要亲自出手。
小智拿出搜查官证:“我是联盟搜查官，你们的所作所为已经违反多项规定，现在停止一切恶行，并接受调查。”
火箭队见今天小智气势很强就不找麻烦了，趁没人注意逃走了。
社长大惊失色开始和小智好好讲话:“小时候来这里钓鱼被被大鱼拽入水中，差点淹死暂时不知道被什么人救了我活了下来，那种恐惧我至今都忘不了。”
小智道:“就为这种理由，明明是你自己当时安全措施做的不好。”
这时，湖中泛起巨大的水花，哈克龙从湖里出现。
绯芽老奶奶缓缓开口:“当年救你的人就是哈克龙，它希望这片湖泊永远宁静美好，若他知道你如今的行径，必定失望至极。”
社长大惊瞪大双眼望着绯芽老奶奶道:“哈克龙？”
他的神情变得复杂起来，既有惊讶，又有愧疚。
朝雾走上前来:“既然知道了真相，你就不该再执迷不悟。这片湖孕育着无数宝可梦，也是大家生活的地方。”
社长沉默良久，最后叹了口气，“罢了，罢了，我不会再破坏这里了。”
哈克龙回到湖里长吼一声湖面变得清澈水系神奇宝贝们重新回到湖里。
小遥放出了丑丑鱼
小遥放出丑丑鱼后，众人围了过来观看。
丑丑鱼在水中游得很欢快，一点也没意识到周围的目光。
小胜好奇地说：“这么丑的丑丑鱼真的能进化吗？”
小遥轻轻敲了下他的脑袋:“不许这么说它。”
此时，湖中的其他神奇宝贝纷纷靠近丑丑鱼，它们并没有嫌弃丑丑鱼的长相，反而围绕着它嬉戏。丑丑鱼看起来很开心。
绯芽老奶奶送的小遥一个美丽鳞片
丑丑鱼小心翼翼地将美丽鳞片含在口中，小遥把它收回精灵球然后小智和她交换，然后又换了回来
小遥放出了丑丑鱼它身上冒出光芒
光芒越来越强烈，当光芒散去，原本丑陋的丑丑鱼变成了美纳斯。
这只美纳斯眉毛下垂部分很长。
小遥高兴地抱住美纳斯:“你终于进化了，真是太美了。
小智一行人与朝雾等人告别，继续踏上前往对战巨蛋的旅程今天他们来到了紫苑镇。
小胜拿着领航员说道:“再往南边走就能到达对战巨蛋了。”
小刚道:“在那之前先去神奇宝贝中心休息一下吧。”
小遥道:“紫苑镇白天雾气都这么大的吗？感觉有点吓人。”
小智道:“没事的，这个是正常现象。”
一行人来到了神奇宝贝中心
小刚见到乔伊小姐就立马搭讪:“乔伊小姐还记得小生吗？”
“诶，小智也在，感谢你们之前破坏火箭队的阴谋救了精灵之塔。”
小遥道:“之前有发生过什么事吗？”
小刚道:“在我们还有小霞在关东地区旅行路过这里时，火箭队在精灵之塔有阴谋我们就把他们全部打败了参与的成员都交给了君莎小姐。”
小智道:“嘎拉嘎拉的母亲是被火箭队杀害的。”
小遥道:“所以他上次在对战竞技场看到火箭队连超力王都不管了先把火箭队打飞。”
小胜道:“他一定很想给自己的母亲报仇吧。”
乔伊小姐道:“小智，嘎啦嘎啦的墓已经在精灵之塔里面一会儿你们可以去祭拜，然后富士老人也很想你们。”
小智道:“我知道了谢谢你乔伊小姐。”
小胜好奇地问道:“富士老人是谁呀？”
小刚解释道:“他和大木博士是朋友是老一辈的研究员，喷火龙超进化石x就是富士老人送给小智的。”
小智道:“通过这件事我才对超进化感到兴趣，一会要去好好感谢富士老人，嘎啦嘎啦还是卡拉卡拉的时候是富士老人送的。”
几人来到了精灵小屋富士老人热情地招待小智一行人。
富士老人说道:“欢迎你小智再次来到紫苑镇。”
小智“当初很感谢您的帮助富士爷爷。送了我喷火龙超进化石x。”
“威不足道的帮助而已，超进化的研究还是你和那些博士发表的。”
“嘎啦嘎啦就决定是你了。”
富士老人蹲下身子轻轻抚摸着嘎啦嘎啦的头骨，眼中满是怀念:“时间过得真快啊。”
嘎啦嘎啦亲昵地蹭着富士老人的手。
小遥道:“嘎啦嘎啦和富士爷爷之间关系真好。”
小智道:“我带他去精灵之塔你们就在这里等我好了。”
小智带嘎啦嘎啦来到精灵之塔来到他母亲的墓前
嘎啦嘎啦手中紧握着那根珍贵的骨头，眼神中透露出哀伤，小智默默地陪伴在它身边。
一群幽灵缓缓飘到嘎啦嘎啦面前，轻轻一挥，黑色的光芒笼罩了嘎啦嘎啦，它手中的骨头开始散发出神秘的光芒。
系统:“因为幽灵的力量嘎啦嘎啦学会了阿罗拉地区嘎啦嘎啦才会的暗影之骨。”
小智道:“挺好的学会了新的招数。”
耿鬼非常喜欢周围的气息自己从精灵球里跳了出来，这群幽灵也是好鬼开始给耿鬼传送力量
耿鬼静静地吸收着这股力量，随着时间的推移，耿鬼的实力来到了冠军中期的状态。
小智道:“看来精灵之塔下面有一个冥界入口不然哪来这么多幽灵。”
小智和同伴们汇合告别了富士老人前往对战巨蛋。