1578年，西班牙人入侵苏禄地区，苏禄人民开始持续近3个世纪的反侵略斗争，其间多次打退西班牙入侵者，保持了政治自由和民族独立。
1915年，美国同苏禄王国签订协定，苏禄成为菲律宾的一部分，苏禄王国灭亡。
巴拉望岛位于菲律宾西部，在南海和苏禄海之间。
巴拉望岛和周围数千个小岛保留着原始的自然生态，被称为“海上乌托邦”、“现代伊甸园”、“菲律宾最后一片净土”、“未开发的处女地”、“野生动植物的乐园”。
巴拉望首府普林塞萨港，又名公主港，是巴拉望岛中东部的一个港口城市。
西班牙殖民统治时期为罪犯流放地，以鳄鱼养殖、地底河流以及潜水景点等特色闻名。
巴拉望岛曾经是中华的故土，与中华有着悠久的历史渊源。
元朝时期，巴拉望岛纳入了中华的版图。元代天文学家郭守敬“四海测验”的极南点黄岩岛，就是巴拉望岛。而不是现今南海的黄岩岛。
郑和下西洋时，经常路过巴拉望岛，巴拉望岛曾经被称为郑和岛。
大巽他群岛包括加里曼丹岛、苏门答腊岛、爪哇岛、苏拉威西岛4个主岛及其附属岛屿。
加里曼丹岛是世界第三大岛，面积约75万平方公里。
中国古称渤泥、婆罗州。
渤泥王国是加里曼丹岛北部文莱一带的古国。建国之初只据有加里曼丹岛的北部文莱港附近土地。
永乐年间，渤泥国王携家眷、陪臣共150多人到中国访问，病故于南京。朱棣以王礼埋葬。
现代位于南京安德门外向花村乌龟山的浡泥国王墓，已经成为古代中国对外友好交往的重要实物，被定为国家重点文物保护单位。
16世纪初，渤泥王国国势昌盛，除加里曼丹岛大部地区外，菲律宾南部的一些岛屿亦属渤泥。
这一时期被称为文莱历史上的“黄金时代”。随后因王室内讧国势转衰。
16世纪初，随着伊斯兰教的传入，加里曼丹岛建立了马辰、三发、苏卡达纳和兰达克等穆斯林王国。
苏卡达纳统治者效忠于爪哇岛的马打蓝王国。
16世纪初，葡萄牙人在岛上建立起贸易关系，西班牙人紧随其后。
17世纪初，荷兰人通过干涉诸穆斯林王国的事务，成功地取代了马打蓝的影响。
随着西方殖民者的入侵，渤泥王国统治范围仅限于北部和西北部。
西南的砂拉越成为独立王国后沦为英国殖民地。东北部的北婆罗洲沙巴被英国占据。
1888年，文莱苏丹国彻底沦为英国保护国。
苏门答腊岛面积约47万平方公里，是世界第六大岛屿。
因苏门答腊岛山区盛产黄金又名黄金岛，中国古称为金洲。16世纪时，黄金岛之名声吸引不少葡萄牙探险家远赴苏门答腊岛寻金。
历史上，苏门答腊岛上有三佛齐、苏门答腊、八昔、亚齐、那孤儿、黎代等古国。1397年，三佛齐被爪哇岛满者伯夷王国灭亡。
1407年，郑和下西洋时，在巨港设立旧港宣慰司，首任旧港宣慰使为海外华商施进卿。旧港宣慰司是中国历史上为数不多的海外飞地。
1440年，旧港宣慰司辖制地区被满者伯夷吞并。
16世纪，亚齐王国兴起于苏门答腊北端。1607年，亚齐王国苏丹慕达在位时国势鼎盛，成为附近伊斯兰教的宗教文化中心。
19世纪，苏门答腊的各王国陆续被荷兰殖民者打败，唯有亚齐王国维持独立。为了占领亚齐王国，荷兰人付出了惨重的代价。
直到1903年，亚齐王国才沦为荷兰殖民地。
爪哇岛面积约14万平方公里，明代时期西部的雅加达名为巴达维亚。
16世纪初，东爪哇的许多港口与满者伯夷帝国脱离关系，中爪哇和西爪哇建立了帕姜、马打蓝、勃良安、切里博、万丹等穆斯林王国。
1580年，马打蓝王国控制东爪哇和中爪哇，成为最后一个大爪哇王国。1596年，荷兰东印度公司殖民爪哇岛，在巴达维亚设立总部。
1628年至1629年，马打蓝王国两度围攻巴达维亚，都遭失败。1670年，荷兰东印度公司陆续控制了爪哇岛的各个穆斯林王国。
苏拉威西岛是世界第11大岛，面积约17万平方公里。
15世纪，岛上主要有戈瓦苏丹国、波尼苏丹国等伊斯兰教王国。1607年，荷兰人在望加锡建起殖民点，逐渐控制整个苏拉威西岛。
小巽他群岛又名努沙登加拉群岛，主要包括从巴厘岛到帝汶岛的两支岛弧。
16世纪前，巴厘岛、帝汶岛地区曾先后由三佛齐王国和满者伯夷王国统治。17世纪后，巴厘岛、帝汶岛地区逐渐被葡萄牙、荷兰殖民者掌控。
马鲁古群岛位于棉兰老岛以南，由哈马黑拉、塞兰、布鲁等岛屿组成。
以盛产丁香、豆蔻、胡椒闻名于世，香料生产和贸易繁荣，被早期印度、中国和阿拉伯商人称为香料群岛。
1511年，葡萄牙人到达此地，由此引发了百年争端。
首先是葡萄牙人与特尔纳特及蒂多雷苏丹的冲突，随后是葡萄牙人和西班牙人、英国人和荷兰人之间的冲突。
最后荷兰人获胜，得胜的荷兰人赢得了巨大利润。
新几内亚岛又称伊里安岛，东西长约2400公里，中部最宽处650公里。
连同沿海属岛在内面积约82万平方公里，是太平洋第一大岛屿和世界第二大岛。
新几内亚岛最早居民为土着人。
1511年，被葡萄牙人发现。18世纪下半叶，荷兰、英国、德国殖民者接踵而至，新几内亚岛沦为殖民地。
17世纪初，南洋群岛地区总人口大约1100万。
其中苏门答腊岛约290万人，爪洼岛约400万人，加里曼丹岛约70万人，努沙登加拉群岛约60万人，菲律宾群岛约100万人，马鲁古群岛约20万人，苏拉威西岛约120万人，新几内亚岛约40万人。
1900年，东南亚人口约5000万，21世纪增加到6.5亿。