经过一场惊心动魄的鏖战后，木叶终于成功击败了沙忍村，这使得他们能够将更多的兵力投入到其他战线上去。此时此刻，雾忍村已被迫撤离出火之国，并被逼迫至涡之国的某一海滨地区，其活动范围受到极大限制。然而，尽管形势如此严峻，雾忍依然拒绝承认失败，坚信自己仍有翻盘之机——只要其他忍村能给木叶带来沉重打击，那么他们便可趁虚而入、卷土重来。
与此同时，岩忍村所面临的压力愈发沉重无比。木叶方面已将参与与沙忍村激战的大部分军队调往与岩忍交战的前线，原本在人数上占据的优势瞬间荡然无存。不过好在关键时刻，自来也挺身而出，他的出现令木叶具备了与土影大野木正面交锋的实力。如此一来，岩忍再也无法像从前那样在战场上轻松压制住木叶。
随着波风水门也被木叶高层派遣到岩忍战场之上，这意味着木叶已经迫切地期望能够尽早结束这场已经持续了近三年的战争。尽管木叶拥有比其他忍村更为丰富的物资资源，但大名对木叶预算的削减以及来自四面八方战场的持续消耗，使得木叶也开始感到难以承受。
若是仅仅考虑物资方面的问题，木叶或许还能够勉力支撑下去。然而，真正令木叶受到重创的却是忍者力量的丧失。众多年轻的忍者学员在战斗中英勇牺牲，而前线部队的人数更是降至极为危险的水平。可以毫不夸张地说，木叶已经无法再承受更多的损失了。每一名忍者都是村子宝贵的财富，他们的离去无疑给木叶带来了沉重的打击。
如今的木叶犹如一位疲惫的战士，迫切渴望这场战争的终结，以便能得到充分的休息和恢复。面对岩忍如潮水般持续不断的进攻，木叶高层如鹰隼般敏锐地察觉到了岩忍村的致命弱点。随着岩忍战线的不断推进，他们的后勤补给线仿佛一条被拉长的生命线，变得脆弱而易断。这无疑为木叶提供了一个千载难逢的契机，如同一把利剑，直插敌人的后心，斩断其后援物资供应的通道。只要能成功截断岩忍的后勤补给，再凭借着前线与岩忍不相上下甚至更胜一筹的实力，那么木叶必将迎来战胜岩忍、取得胜利的曙光！
波风水门正是那位成功截断岩忍后勤补给线的英勇忍者！他凭借着惊人的高速移动能力，如鬼魅般穿梭于战场之上，神出鬼没地摧毁了敌人的补给线路。完成这一艰巨任务后，波风水门并未有丝毫犹豫，迅速安全撤离，马不停蹄地赶回正面战场，与岩忍展开激烈对决。
然而，谁也没有预料到，正是这次看似普通的任务，却成为了日后木叶村动荡不安的导火索。而波风水门的三位弟子——旗木卡卡西、宇智波带土以及野原琳所经历的剧变，则更是给旗木卡卡西带来了深远影响。在那场惊心动魄的变故中，旗木卡卡西不仅获得了一只强大的写轮眼，同时也承受了巨大的痛苦：他失去了一位被众人皆认为已壮烈牺牲的宇智波家族成员。这段令人心碎的往事，无疑成为了旗木卡卡西心中永远无法磨灭的伤痛。
经过一番激烈厮杀后，岩忍遭受了自开战以来最为惨痛的失败，他们不得不选择撤退并承认自己败北于火之国之手。至此，这场木叶与岩忍村之间的战火终于平息下来。
然而此时此刻，深入火之国境内的云忍村却陷入了孤立无援的境地——他们必须独自面对来自木叶的全面反击！这一现实使得云忍深刻认识到：此次战争已毫无胜算可言、再难持续下去。毕竟，当面对那位天赋异禀、以速度见长的忍者波风水门时，即使是实力强大如四代雷影以及拥有八尾力量的人柱力，亦束手无策、无法战胜对手。无奈之下，他们唯有率领着云忍军队撤出火之国疆土。
随随着云忍的撤退，这场惊心动魄的忍界大战终于接近尾声，但和平的曙光尚未完全降临。人们都在默默祈祷，期待着和平协议的签署，让忍界重新回到安宁与和谐之中。
然而，就在这看似平静的表面下，一股暗流涌动起来。雾忍村似乎并不甘心接受战争的失败，他们暗中策划着一场更为险恶的阴谋。不知出于何种原因，也许是未能达成预期目标，雾忍村决定孤注一掷，做出最后一搏。
在一个月黑风高的夜晚，雾忍村派出精英忍者，悄悄潜入木叶村附近，成功地将波风水门的得意弟子野原琳擒获。紧接着，他们施展禁忌之术，将强大的三尾封印进野原琳的体内。这个残忍的计划旨在利用野原琳作为棋子，一旦她被她的同伴旗木卡卡西救回木叶村，便可以借机释放出三尾，对毫无防备的木叶村发动突然袭击。
如此一来，雾忍村就能趁乱得利，争取到扭转战局的宝贵机会。而可怜的野原琳，则成为了这场权力斗争中的无辜牺牲品。她的命运从此被改写，身不由己地卷入了这场可怕的风暴之中。
这一次惊心动魄的行动最终以令人意想不到的方式落下帷幕——野原琳竟然选择故意死在旗木卡卡西的手中！然而，正是这个决定引发了一系列戏剧性的后果，孕育出一个对整个忍界展开疯狂复仇的强敌——宇智波带土。
与此同时，雾忍计划遭遇挫败，使得雾隐村错失了他们最后一丝希望。如今，木叶已成功清除掉火之国境内所有其他忍村的忍者，实现了全面肃清。此时此刻，汇聚全力的木叶村已然强大到无法撼动，即便是同样遭受重创的雾忍村也难以与之抗衡。面对如此局势，他们不得不放下最后的幻想，无奈地与木叶签署停战协定。
这场持续近三年时间，各方忍者伤亡都无比惨烈的第三次忍界大战终于渐渐平息下来了，这场战争可以说每个忍村都到达了伤筋动骨程度。
最严重的当属风之国沙忍村，历年来最强的三代风影在还没有全面开战就莫名其妙的神秘失踪，完全没有加入战局。和木叶村的鏖战中又损失相当多数量的中坚忍者，最后又和疯狂的雾忍村在边境海岸发生剧烈冲突更是让原本就损失惨重的村子更加雪上加霜。甚至已经让原本实力排在前三忍村已经到达最低谷，成为五大忍村中垫底的存在，伤及到村子底蕴，想恢复全盛时期都非常困难。
其次就是木叶村，这场战争中木叶虽然每个战场都获取的最后的胜利，但木叶村也是付出难以想象的代价，村子中在编忍者伤亡超过一半，连各个家族不在木叶忍者编制的人员都损失超过六成，损失最严重的当属木叶村最强的宇智波一族，战损超过八成，可谓是真正的让宇智波一族伤及了根基，可能需要几十年的时间才能恢复回来。日向一族因为正在全面提升实力，倒是避过了严重伤亡，但后期为了结束战争也派遣出非常多的家族忍者前往战场，损失虽然没有伤到家族根基，但也不小。至于派往阻击云忍深入火之国的猿飞一族损失也只是仅次于宇智波一族，面对四代雷影和八尾人柱力联手带队，数量不少的猿飞一族可没有豪门家族的底蕴，最多的都是一些中下忍，自然损失严重。最后还是其他战场木叶获得胜利后，波风水门带队前去支援，不想独自和木叶忍者死磕的云忍主动撤退才保留下了一丝根基。猿飞日斩辛苦十年的扶持起来的猿飞一族重新回到小家族的行列之中。
云忍村可以说是这场战争中的忍者数量伤亡最小的一个村子，但损失的都是村子的最精锐的部分。连最强战力-三代雷影都阵亡在战场之上，也是战争中唯一战死在战场之上的影。毕竟当时三代雷影带领云忍最精锐的忍者队伍想要击穿岩忍部队，但岩忍村集合全村忍者的围剿，虽然最后三代雷影主动断后想保护云忍村的精英队伍，但突围时还是让云忍的精英忍者部队阵亡不少。
岩忍村阵亡忍者数量最多，但大多都是一些下忍级别，还是保留下来非常精锐忍者队伍。但严重的物资和人员消耗，也让岩忍村没有继续坚持战争的底气了。
雾忍村则是完全让所有忍村都没有明白战略计划，在和木叶作战时损失不小的情况下，又对沙忍村开战，让雾忍村也损失惨重。
在所有忍村都无力再继续作战的情况下。忍界基本恢复了平静，只剩下云忍还非常不甘心，不愿和木叶签订停战协议。但让云忍独自面对木叶村也没有把握，同时还有担心岩忍村在侧翼的偷袭，只能僵持着，等待合适的时机。
忍界总算结束了战争状态，重新回归到平稳。也让木叶村可以有机会重新休养生息，恢复战争带来的严重损失。
木叶村也迎来了久违的和平。