这场战争的许多战役是在1499年的1月到7月间打的，并且除了很少的几场小规模战斗以外，所有的战斗都是老练的瑞士士兵击败了士瓦本和哈布斯堡军队。瑞士人自从在勃艮第战争胜利之后，就拥有着身经百战的战士和指挥官。而士瓦本方面，骑士与步兵之间互不信任，军队领导人之间意见不一，全体人员普遍不情愿打仗，甚至士瓦本的伯爵们被认为比起神圣罗马帝国的利益，更看重强大的哈布斯堡的利益。这些因素就显现为了他们的致命的不利条件。在多尔纳赫战役中，马克西米利安一世皇帝的最高军事指挥官阵亡，瑞士人取得了最终的决定性胜利，这使得他没有别的选择，只得同意了于1499年9月22日在巴塞尔签订的一份和平条约。这个条约给了瑞士邦联在帝国中的很大的独立性。尽管在1648年的威斯特伐利亚和约之前，这个邦联在名义上还是帝国的一部分，然而巴塞尔和约已经将它从帝国的管辖权中免除了，还免除了帝国的税务，由此，这份和约在事实上承认了它是一个独立的政治实体。
背景
冲突的来源之一是旧瑞士邦联与哈布斯堡家族之间自古就有的怀疑、竞争、敌意，这些从1438年起，甚至还影响到了神圣罗马皇帝的君权。从13世纪晚期起，瑞士邦联的成员们就渐渐地控制了那些曾经属于哈布斯堡国土的领地。瑞士人已经得到了皇帝直辖的身份，他们只臣服于皇帝本人，而不会成为任何居于中间的王公或受人臣服的领主的臣子。这样的身份授予了瑞士人在神圣罗马帝国中的很大的自治权，并且由于天高皇帝远，他们的自治权要大得多。在1438年，对于瑞士人来说，帝国及皇帝与哈布斯堡的公爵形成了对立。以前的皇帝们再三地支持瑞士邦联与哈布斯堡作斗争，他们将哈布斯堡视为强大的竞争者。他们屡次确认了瑞士人的皇帝直辖身份；而瑞士人也成功守住了自己的特权身份，阻止了哈布斯堡的公爵们收复他们被瑞士人夺取的领地的企图。
15世纪的神圣罗马帝国中的哈布斯堡腓特烈三世皇帝
哈布斯堡的腓特烈三世登基后，瑞士人一下子就面对着一个新的情况，那就是他们不能再指望帝国的支持了。更糟的是，与哈布斯堡公爵们的斗争就预示着会成为与帝国本身的斗争。不过，在腓特烈在位期间，这样的情况并未发生。在旧苏黎世战争中，腓特烈于1442年站到了瑞士邦联的对立面，对苏黎世城进行了支持，并且他还拒绝承认邦联成员们的皇帝直辖身份。但是腓特烈在统治期间有着各种麻烦事，他没有空隙对瑞士人进行军事上的活动。在奥地利，腓特烈先是在和他的弟弟阿尔布雷希特斗争，之后又面对了匈雅提·马加什（即匈牙利马加什一世）的压力，而马加什甚至还把腓特烈赶出了维也纳并迫使腓特烈的朝廷成为了一个四处漂泊的朝廷。
在帝国内，腓特烈面对着巴伐利亚的维特尔斯巴赫王朝和堂弟西吉斯蒙德的反对。西吉斯蒙德当时是蒂罗尔和福拉尔贝格的公爵，之后还成为了前奥地利的公爵。西吉斯蒙德也和瑞士邦联斗争过。他在一场关于蒂罗尔主教的任命的斗争中被教宗庇护二世开除了，之后瑞士人就吞并了本属于哈布斯堡的领地图尔高。在1468年，西吉斯蒙德在瓦尔茨胡特战争中与瑞士人交锋。要结束这场战争，他可以不损失太多领地，只需支付大量赎金就行。而为了筹集这笔赎金，他在1469年将桑德戈和阿尔萨斯的土地抵押给了勃艮第的大胆的查理。不过，查理并没有帮助西吉斯蒙德共同对付瑞士人，因此西吉斯蒙德在1474年又买回了那些土地并与瑞士邦联缔结了一个和平条约，永久协议（EwigeRichtung），不过神圣罗马皇帝却从未承认过它。在随后的勃艮第战争中，瑞士人与西吉斯蒙德又并肩对抗起了大胆的查理。
在1487年，西吉斯蒙德违背腓特烈的意愿，安排了腓特烈的女儿库妮贡德和巴伐利亚的阿尔布雷希特四世公爵的婚姻，而且他还签字同意了将他在蒂罗尔和前奥地利的一些领地交给阿尔布雷希特四世。腓特烈打算以武力来干涉：他在1488年缔造了士瓦本同盟。这个同盟是士瓦本各城市、圣乔治之盾同盟的士瓦本骑士们，还有符腾堡、蒂罗尔、福拉尔贝格的各个伯爵们组成的一个联盟。在他们的帮助下，腓特烈迫使维特尔斯巴赫家族归还了西吉斯蒙德签字放弃的那些领地。
在1490年，西吉斯蒙德被迫退位并将他所有的领地转交给了腓特烈之子马克西米利安一世。当大胆的查理在1477年于勃艮第战争中阵亡后，马克西米利安就在当年娶了勃艮第的玛丽，因此他继承了勃艮第的领地：勃艮第公国、勃艮第伯国，以及荷兰。他掌管了勃艮第，并以更为中央集权的行政方式强化了对勃艮第的管理，因而在1482年导致了一场反叛的爆发。在这场反叛中，各个城市与伯爵们与法兰西的查理八世联合了起来，共同对抗马克西米利安。勃艮第公国也曾是法国的一块封地，因此查理八世立即宣称了对它的所有权。这场斗争的第一阶段持续到了1489年。在这一阶段中，马克西米利安一直占据着那些低地国家。在这一阶段中，他甚至曾落入敌手并于1488年在布鲁日被囚禁了四个月。当他的父皇派出了由萨克森的阿尔布雷希特公爵指挥的军队去解救他后，他才重获自由。马克西米利安随后回到了德国，留下了他的表弟阿尔布雷希特作为自己的代理人。阿尔布雷希特在随后的岁月里将会设法确立哈布斯堡在荷兰的霸权。