王安石变法，其制定的“新法”并不是一次性颁布天下的，而是经过了几年时间的跨度，陆陆续续颁发下来的。变法机构也不单单是“制置三司条例司”这一个部门。
“制置三司条例司”本来由王安石和陈升之共同领导，下设各级官员。
公元1069年十月，富弼罢免宰相，赵顼本来要王安石做宰相，王安石为了酬谢陈升之帮助自己变法，发扬高风亮节精神，推陈升之上位。
陈升之做了宰相，内心发生了翻天覆地的变化，似乎觉得自己要高王安石一等了，便对变法阳奉阴违，对自己兼领的“制置三司条例司”，那是左看左不顺眼，右看右不中意。
做了一个月宰相后，陈升之对赵顼道：“宰相职事无所不统，宰相所领职事怎么能称'司'？请陛下撤销'制置三司条例司'！”这显然是和王安石公开放对了。
王安石在一旁听了，内心十分恼火，抢在赵顼面前回答道：“古时有'六卿'就是现在的执政宰相，那时的名号就有诸如'司马'、'司徒'、'司寇'、'司空'，各自掌管一个部门的职事，自古如此，有什么不合道理的？”
陈升之争辩道：“宰相如果'制置百司条例'就可以，仅'制置三司'一官就讲不通。”陈升之意思，“制置三司条例司”应该改为“制置百司条例司”才妥当！
王安石怒道：“中书宰相要支取百钱以上的财物，以及对三司官员升迁补缼，都要请旨行事，你以为宰相能一手遮天吗？至于'制置三司条例'，有什么不可以的？”王安石意思，你这个宰相，兼任了“制置三司条例司”，对三司的用钱、用人都要请旨，你想改为“制置百司”，就不要请旨了吗？你陈升之什么目的？
通过这次争吵，王安石知道，陈升之反水了，便向赵顼建议，将陈升之赶出了“制置三司条例司”，让韩绛顶替陈升之的位置。
韩绛当时为枢密副使，和王安石的关系亲密无间，更为重要的是，韩绛与王安石真一条心，是真心支持变法的。比如，王安石每次奏事完毕，韩绛必定出列表态：“臣的意见和王安石一致，请陛下省察！”王安石让韩绛接替陈升之，理所当然。
公元1079年四月，韩绛也升为参知政事，进入中书省办公，王安石自己本来也是参知政事，为了办事方便，这时便建议将“制置三司条例司”并入中书省。
公元1070年五月，“制置三司条例司”正式并入中书省。
“制置三司条例司”并入中书省之前，很多言官也上疏请求撤销它。特别是前宰相韩琦，当时判大名府，上书道：“条例司虽然是宰辅大臣兼领，本不应该有所定夺。如今条例司不经过中书省直接商定条例律令，这是在中书省之外又设了一个'中书省'啊！”
别人的意见赵顼可以置之不理，韩琦的奏章，赵顼不得不重视。因此，在韩绛以枢密副使身份领“制置三司条例司”后不久，赵顼便问王安石：“'条例司'可以并入中书省吗？”
王安石答道：“新法条例还没有全部起草完毕，而且臣和韩绛共领该司，我们经常需要商议条例细节，臣在中书办公，韩绛在枢密院办公，如果现在撤销了'条例司'，臣和韩绛便没有共同的办公场所，因此现在还不能合并，请陛下缓一缓。”
“制置三司条例司”并入中书省后，凡是原条例司的属员，全部授予官职，变法事宜交付“司农司”。由太子中允、崇政殿说书吕惠卿兼任司农寺。
“制置三司条例司”虽然只存在一年零三个月，却为变法的前期工作打下了坚固的基础，可以说很好的完成了历史使命。
“制置三司条例司”同时也完整地起草了三大主体法律，“均输法”、“青苗法”、“农田水利法”。
吕惠卿接管司农寺仅四个月，当年九月，吕惠卿父亲去世，吕惠卿按制度去职“丁父忧”，判司农寺位置空缺，王安石推荐曾布代替，可是曾布资历尚浅（年仅三十五岁），下属不服气，不久换成胡宗愈，然而胡宗愈对变法不积极，王安石又将知谏院邓绾升迁为侍御史知杂事，兼判司农寺。
佐料：邓绾，成都双流人，公元1070年，邓绾通判宁州（甘肃宁县），他上书赵顼道：“陛下得伊尹、吕望辅佐（指王安石），颁布青苗、免役等新法，人民没有不欢欣鼓舞的。臣从宁州所见，便知“一路”（相当现在的省）情况，从“”一路”来看，便知全天下都如此！这真是世上少有的良法，请陛下不要因为没有根据的议论而放弃啊！”
地方官上书皇帝，先要经过中书这一关口，王安石见了这封歌功颂德的奏疏，内心的激动可想而知。
不久，邓绾的上书便产生了奇效，赵顼召他进京入对。赵顼问他认识王安石和吕惠卿吗，邓绾回答不认识。赵顼庄重地介绍道：“王安石，乃当今圣人，吕惠卿，也是当今贤人！”
邓绾退出，遇到王安石，极尽谄媚，好像面见很熟悉的老上司一样。宰相陈升之打算让邓绾回宁州担任知州。算是提了半级，邓绾听说后，很不满意，失望地道：“急着召我进京，怎么又让我回去？”
有人问：“你想要什么官位？”
邓绾毫无廉耻地道：“最起码应该做馆阁吧？”
那人接着讽刺道：“做谏官不是更好吗？”
邓绾马上接口道：“那当然好！”第二天，朝廷果然下诏让他担任集贤院校理。这显然是王安石起了作用。看来，喜欢听奉承话是所有人地通病，哪怕你再贤明也不例外！
在京师的同乡都笑骂邓绾，他满不在乎地道：“笑骂由得你们，好官还须我来做！”
不久，邓绾又升迁为知谏院。真是一封马屁奏疏搭天梯啊！