“看来指挥系统的更新要延后了。”西格喃喃自语道。
盟指已经聚集了一批数量尚可的战列航母战斗群，即将对厄普西隆的基地发动攻击。
这时第二次闪电风暴已经充能完毕，随时可以发射。“指挥官，我们在设计天气控制仪时留下了部分冗余。闪电风暴在深度充能后的威力会大幅度增加，但会损害控制仪本体。”金川工业的技术人员对盟指提醒。
“好的，不过这一次闪电风暴拿不下一座关键建筑啊。”盟指若有所思，厄普西隆已经在开始重新准备核弹发射程序。
“不会有人真的能盲打中的吧？”正在努力寻找心灵信标位置的盟指发愁中，他希望用这次闪电风暴摧毁掉此地的心灵信标上。
这样他就能直接解放那些被控制的美军，而且被控制的苏军就算不站在盟军这里也不会继续站在厄普西隆那里。这样他就可以把海军从苏军海军的压制中解放出来直接对厄普西隆作战。
“这里，不在。这里也不在。”卫星侦查给出的结果让盟指头皮发麻。
“到底在哪儿？”盟指怒了，“谁能告诉我那个该死的信标在哪儿？”
就在盟指感到心烦意乱之际，指挥部内的一名参谋急匆匆地跑来报告：“指挥官，我们发现了一些异常的能量波动，可能与心灵信标有关！”盟指眼中闪过一丝希望，立刻调转视角前往现场。
就在厄普西隆的船厂周边，他们找到了心灵信标的位置，离他们的卫星侦查图像并不远。盟指当机立断，命令闪电风暴对其展开攻击。闪电风暴再一次在上空释放，中央雷暴区的三道连续性破坏雷电对准信标位置倾泻着破坏力。
厄普西隆的工程部队顶着肆虐的狂暴雷电竭尽全力抢修着信标，这是他们在维尔京群岛的立足根本，没有了信标厄普西隆就失败了一半。
当阴沉的积雨云散去，盟指看到正在燃烧的信标后脸一沉，果然还是没有彻底击毁么。“西风炮击准备。”盟指下达了指令，给这个濒临崩塌的信标最后一击。
定位无人机被丢到了信标上，随即对岸震天的炮火以一轮回应大地的齐射对着信标的位置发起了饱和式炮击。
这轮炮击过后，信标终于支撑不住彻底倒塌。信标的损毁解除了心控网络，被心控的美军欢呼着加入了盟指的阵营，苏军在短暂的恍惚后收缩了阵线，攻击任何靠近自己的势力，不再主动对盟军发起攻击。
这个结果已经让盟指非常满意了，现在盟军的舰队终于突破了限制，对着厄普西隆全力释放怒火。
厄普西隆的海军在没有苏军的支援下根本不足以抵挡盟军的突进。盟指下令全速前进，一定要一举消灭厄普西隆的所有海军和他们的船厂。盟军的巡洋舰队迅速包围切割了剩余的厄普西隆空军，战列舰舰炮不断轰击着敌人。同时，盟军的舰载机也出动，对厄普西隆进行空中打击。
剩余的厄普西隆基地在盟军摧枯拉朽的打击下如雪花般消散。“燃料已装填。”厄普西隆核弹发射井，最后的厄普西隆幸存人员正在做最后一搏，两颗核弹足以摧毁掉盟军的天气控制仪了。只要成功摧毁掉盟军的天气控制仪，他们的牺牲就是值得的。
“你之前在特内里费岛上已然亲眼目睹过梭鱼轰炸机那令人震撼的强大威力，如今我们也拥有了制造这种威猛无比的飞行器的能力！就让它们去狠狠扫荡敌军的基地吧。”盟指目光坚定地看着面前的地图，手指用力地点在了代表着厄普西隆核弹发射井的位置上，下达了这个果断的作战指令。
很快，机场跑道上响起了震耳欲聋的轰鸣声，整整十六架梭鱼轰炸机依次起飞，如同一群凶猛的猎鹰扑向猎物一般，气势汹汹地朝着厄普西隆的核弹发射井疾驰而去。它们的机翼在阳光下闪烁着冷冽的光芒，带着无尽的杀意。
而此时此刻，位于厄普西隆核弹发射井附近的剩余人员依旧浑然不觉即将降临的灭顶之灾。他们正在忙着核弹发射前的准备工作，完全没有预料到一场毁灭性的打击正在逼近。唯一在空中盘旋的，只有一架孤零零的黑寡妇干扰机。与庞大的梭鱼轰炸机编队相比，它显得如此渺小和微不足道，根本无法构成任何有效的威胁，让人丝毫不必为此感到担忧。
贯穿导弹的威力不间断在核弹发射井上释放，专门针对建筑物的武器顺利将厄普西隆最后的希望湮灭在废墟之中。另一处核弹发射井则在一轮饱和式炮击下被炸毁，厄普西隆的对空防御没能保护核弹发射井。
随着最后一座核弹发射井的爆炸声响起，任务圆满完成。飞行员们收到返航指令，驾驶着梭鱼轰炸机离开前线返回机场。
广袤无垠的海面之上，波涛汹涌，浪花翻滚。然而，比这大自然的狂暴更令人瞩目的，是厄普西隆那堪称惨烈的溃败场景。只见厄普西隆一方的船只一艘接着一艘地缓缓沉入海底，仿佛被一只无形的巨手无情地拖拽下去。起初，这些船只还试图做最后的挣扎，但随着时间的推移，它们的反抗变得越来越微弱，最终只剩下零星的炮火和绝望的呼喊声。
每一次盟军航母舰载机的起飞与降落，都伴随着一阵尖锐的呼啸声；而战列舰那巨大炮管中的弹药装填，则像是一声声沉闷的怒吼。这些声音交织在一起，形成了一首死亡的交响曲。每一个音符响起，都意味着厄普西隆又有一座建筑在猛烈的攻击下化为废墟。
盟军的海军犹如一把锋利无比的利刃，在这片辽阔的战场上势如破竹，所到之处皆是一片狼藉。反观厄普西隆的海军，实在是显得太过弱小和无助。说来奇怪，似乎在正面的大规模海战对决中，厄普西隆从来就没有品尝过胜利的果实。即便是面对实力稍逊一筹的联盟海军，他们的胜率也是可怜的零。造成这种局面的原因显而易见——厄普西隆的海军无论是在装备技术、战术策略还是人员素质方面，都远远落后于其他势力。这样一支海军队伍，在残酷的战争面前，自然只能成为失败者。
盟军终于成功肃清了此地的所有厄普西隆部队。随着信标被破坏，被控制的美军和苏军恢复了自由意志。盟指松了一口气，他深知这场胜利来之不易。然而，战争还远未结束，他必须带领盟军继续前进，他有一种预感，和厄普西隆最终的决战不会太远了。
“尤里和被他控制的苏联部队将不再会威胁到坚守这片区域的太平洋阵线了，这也为我们提供了一个有用的根据地。有了这种新型的科技，我们就可以逐步摧毁厄普西隆的据点，并夺回它们的控制权。”
在悖论远征军和友川纪夫流亡部队的支援下，太平洋阵线的部队成功将心灵军团赶出了维尔京群岛，盟军也成功得到了天气控制机的技术并在内部共享，盟军终于获得了与核弹发射井相抗衡的大规模杀伤性战术武器，使盟军将来即使没有悖论引擎的支援也能更从容的面对他们的敌人。同时，太平洋阵线的部队也加入了悖论远征军，准备南下和远征军主力一道向位于南非的厄普西隆大型要塞进军，但在此之前，他们要前往圣胡安解救一批发出了求救信号的美军。
虽然对维尔京群岛的直接进攻失败了，但尤里不会轻易放过夺取盟军科技并攻击悖论引擎的机会。盟军随后侦测到位于亚马逊雨林的异动，为了悖论引擎和维尔京群岛的安全，在盟军指挥官的指导下，谭雅和友川纪夫两位英雄将会前往亚马逊雨林并发动一场突击行动。
解除控制的苏军在短暂的商议后选择了离开，他们踏上了横跨大西洋的旅程，准备前往中东投奔联盟。尽管盟指劝说他们加入悖论远征军，但由于内外的激烈反对这件事最后没能成功。盟指望着海边渐渐远去的苏军身影，他想着联盟方的状况到底是不是如同厄普西隆所宣传的那般已经和苏军一同彻底覆灭，他不知道。
“到最后，只剩下我们了么？”