士瓦本人偏爱攻击北线，而他们的皇帝则仍然希望说服他们来帮助自己赢得在米施泰尔谷的斗争。他们间的不和使得这场战争暂停了。部队被聚集在了康斯坦茨，但是攻击行为却未发生。到7月之前，全线都无重大事情发生。
当时的一幅关于多尔纳赫战役的木刻画，显示了多尔内克城堡和战斗主场景，以及瑞士人在比尔斯河畔杀戮逃跑的士兵们。
塔英根教堂的防御塔被士瓦本骑士们炸毁。防御者跳塔以逃生。村庄陷入火海。本插图来自1513年的《卢塞恩编年史》。
到了7月中旬，马克西米利安与士瓦本的领导人们突然陷入了他们自己部队的压力之下。在西线的是海因里希·冯·菲尔斯滕贝格伯爵指挥的一支军队，其中有一大群来自佛兰德斯的佣兵和许多骑士因为没有收到薪水而威胁要离开。士瓦本部队的步兵们也发出了抱怨：大多数人是农民，他们更愿意回家去收庄稼。马克西米利安被迫同意了。
在7月21日，士瓦本人乘船越过康斯坦茨湖，攻击了赖讷克和罗尔沙赫。这也是他们少有的几场成功的军事活动之一。当地的小股瑞士分遣队受到了突然袭击，村庄也被劫掠与焚毁。一支大约名士兵组成的军队在多尔纳赫西部发动了一场规模更大得多的攻击，不过，他们遭遇了一支快速聚集起来的强大瑞士军队。在1499年7月22日的多尔纳赫战役中，士瓦本人和佣兵部队在一场又久又艰难的战斗后，遭受了重大失败。他们的将军海因里希·冯·菲尔斯滕贝格在战斗开始不久就阵亡了，大约有3000名士瓦本士兵和500名瑞士士兵丧生，并且士瓦本人再一次失去了他们所有的火炮。
这场战争最后的一批小规模战斗中的一场发生在7月25日。一支士瓦本军队从黑高向沙夫豪森进军，但是在塔英根却遇到了激烈的防卫。尽管这一小股防御部队最终被征服了，并且这个村庄被洗劫了，然而这些防御者们造成了重大的伤亡并且他们拖了足够长的时间，使得瑞士人能够从沙夫豪森派遣部队来在战场上与士瓦本人相遇。士瓦本骑士和他们的步兵间的不和使得士瓦本人撤退了。之后夜幕降临，使得更大规模的战斗没能发生。[注4]
瑞士人的一个大问题是他们没有任何统一的指挥。每个州的部队只听他们自己的领导人的命令。不顺从的抱怨是常见的。瑞士议会不得不在1499年5月11日采取这一决议：“当邦联在联手作战时，每个州都应该强行让自己的士兵服役。无论是哪个州的士兵，都应遵从其他州的军官。”
瑞士人的法国和意大利盟友们为这场战争付出了巨大的代价，此外，为了赎回战俘们，人们也付出了巨大的代价。
和平谈判
由于两个阵营间相互的不信任，在1499年3月，早期的调解企图遭遇了失败。但是在多尔纳赫战役之后，士瓦本同盟厌倦了战争并且对皇帝作为军事领导人的能力已经失去了全部的信心，因此他们拒绝了马克西米利安召集一支新军队的要求。比起瑞士军队来，士瓦本军队与哈布斯堡军队损失的人员要多得多，并且在多次地被瑞士人夺走了他们的装备之后，他们的火炮也变得不足了。瑞士人对进一步拖长战争也没有兴趣，不过他们还是拒绝了马克西米利安在1499年8月于沙夫豪森提出的第一个和平提议。
在巴塞尔市政厅，米兰外交使节将他的和平提案呈给马克西米利安的代表团。一位来自卢塞恩的代表（图中前排左侧穿蓝白服装者）为他翻译。本插图来自1513年的《卢塞恩编年史》。
不过，意大利战争的战事帮忙将士瓦本战争带向了尽头。法国国王路易十二试图将米兰公国置于自己的控制下。只要士瓦本战争还在持续，米兰统治者卢多维科·斯福尔扎──他的侄女比安卡在1493年被马克西米利安所娶──就既不能期盼得到“远征佣兵”的帮助，也不能期盼得到马克西米利安的帮助，因此，他的外交使节加莱亚佐·维斯孔蒂试图在瑞士人与皇帝间做调解。在瑞士的兼具战争政务会功能的邦联议会（Tagsatzung）上，为了防止米兰人得到瑞士佣兵或马克西米利安的帮助，法国代表则试图阻止瑞士人与马克西米利安间的任何协定。米兰代表击败了法国代表的那些教唆，成功说服了双方都降低各自的要求。最终，马克西米利安一世与瑞士人之间的一份和平条约在1499年9月22日于巴塞尔被签订。马克西米利安曾对瑞士邦联下了禁令，以试图把这场战争定为一场“帝国战争”，然而这份和平提议却谨慎地对整场战争进行了轻描淡写，将它从“帝国战争”降低为了它的实质：帝国的两个相同地位的成员（帝国级政区，Reichsst?nde）之间的一场战争，即哈布斯堡家族与瑞士邦联之间的一场战争。这份文件只把马克西米利安称为“哈布斯堡公爵”，而没称之为“日耳曼人民的国王”，更没有称之为“神圣罗马皇帝”。
凭着巴塞尔和约，旧瑞士邦联与帝国的关系又回到了1495年沃尔姆斯会议前开始的状态。帝国禁令被悄无声息地停止了。马克西米利安不得不接受瑞士各州的拒绝并含蓄地放弃哈布斯堡对瑞士人的领土的宣称，承认瑞士人的独立。因此，这之后，瑞士邦联的十个成员继续不受“帝国法院”的管辖。此外，瑞士人从此还取得了图尔高的高等司法权。除了沙夫豪森一带，这场战争没有造成任何领土变更。沙夫豪森这座城市成功确立了它对一些之前属于康斯坦茨主教的地方的领导权。
在格劳宾登，情势也回复到了战前状态。哈布斯堡能够保留他们对“十辖区同盟”的八个市镇的权利，但是他们也不得不接受这个同盟与另外两个同盟以及瑞士邦联所结成的联盟。最终，这样的安排将会导致哈布斯堡失去普雷蒂高，而归三同盟所有，不过例外的是在将近130年后的三十年战争期间，他们会临时地重新占领该地。